TVシリーズ化もされた人気カードゲーム・コミック「遊☆戯☆王」の劇場版第3弾。カードバトル・デュエルによってネオ童実野シティを守っている不動遊星は、世界の破滅を目論む未来から来た謎の男・パラドックスに自分のエースモンスターであるスターダスト・ドラゴンを奪われてしまう。遊星は時空を超え、カードの精霊の力を使うことができる遊城十代を訪ね、そこで事件の真相を知る。2人は伝説のデュエリスト・武藤遊戯と力を合わせ、パラドックスとの壮絶なデュエルに向かう。
幕末时期,维新派在传奇的刽子手拔刀斋绯村剑心(凉风真世 配音)引退后,选出同样具有高超剑术的志志雄真实(池田政典 配音)继续着暗杀任务。在维新即将获得胜利之际,为掩盖种种不可告人的秘密,新政府密谋杀害志志雄。谁知全身遭到重度烧伤的志志雄却从地狱活转,怀着巨大的仇恨制定了“京都破坏计划”,他的手下网罗了四乃森苍紫、濑田宗次郎、宇水、张等一大批高手。与此同时,剑心、京都御庭番众、斋藤、比谷清十郎纷纷行动起来,朝向京都进发。一场决定历史命运的大战即将拉开序幕……
本片根据和月伸宏的同名漫画改编。