知名舞台剧女演员牧树里这日收到怪盗基德的预告信：在26个字母的盘旋飞舞中，他来拜领无价的“命运的宝石”。毛利小五郎受到牧树里委托将信件分析，认为基德将在演出最后一晚前来盗取宝石，当晚他及柯南、小兰等人来到剧场，那里早有诸多警察守候。
　　令柯南吃惊的是，基德竟扮成工藤新一出现在众人面前，但他及众人方向不同的紧张过后，宝石并没被盗，柯南醒悟字母预告信与航班相关。而柯南、小兰、牧树里及其同事搭乘的前往北海道的飞机上，尚有一起杀人计划正被精心设计。

　　十九世纪中叶，维多利亚时代的大英帝国，工业革命方兴未艾，理性与进步似乎凌驾一切，标志了人类文明昂首进步的无限可能。
　　就在第一次万国博览会揭幕前夕，住在伦敦的13岁少年雷•史汀（铃木杏 Anne Suzuki 配音）突然收到发明家祖父（中村嘉葎雄 Katsuo Nakamura 配音）从美国寄来，称之为“蒸气球”（Steam Ball）的神秘动力装置。同时间，英国情报组织，以及一个名为奥哈拉基金会的黑暗组织，都觊觎“蒸气球”所蕴含的惊人力量。雷因此而突遭一伙身份不明的人的袭击，雷只好带着金属球，踏上逃亡之路。为寻求真相雷来到美国，从父亲艾迪（津嘉山正种 Masatane Tsukayama 配音）口中雷得知“蒸气球”依据全新机械理论所设计，可以产生一种划时代的庞大能源，足以供应整个国家所需。路途中，雷邂逅了美丽的富家千金斯嘉丽（小西真奈美 Manami Konishi 配音）。从小娇生惯养，却偏偏爱上了雷，自愿跟随孤独的雷一起踏上了冒险之旅……所谓的科学，究竟是人们的希望？还是将会毁灭一切。
　　本片的制作经历了整整9年，总制作费高达24亿日元。

　　这部作品风格类似于大和古装片，背景却发生在未来的日本。在不夜城新宿，人类和妖怪和平共处。但是，曾几何时连环杀人案连续发生，而罪犯是叫廻向的神秘男人。为何曾经是街之守护使『鸦』的他会向人类复仇呢？
　　为了阻止杀人案继续发生，新的『鸦』诞生了，青年音羽被选作新的守护使，新仇旧恨在新宿街头开始蔓延……
　　鴉 KARAS
　　故事簡介—
　　在不夜城新宿，人們早已忘記存在於身邊的妖怪，
　　大家都過著浮華糜爛的生活。
　　這兩個互相重疊的世界，
　　自古即由「百合音」與「鴉」兩者負責維持秩序；
　　但是，這種平衡關係已開始出現傾斜，理應捨棄一切的自我，
　　註定成為街頭僕人的「鴉」，
　　卻突然自稱為「迴向」並開始對人類展開復仇行動。
　　大街上接連發生了數起離奇殺人事件，
　　而兇手正是透過迴向得到全新軀體，
　　被稱為「御座眾」的機械化妖怪。
　　此時，新宿車站的月台出現了兩名男子，
　　一個是為了偵辦離奇殺人事件而從本廳派遣來的菁英警部「吳」，
　　另一個則是為了打倒迴向而重返新宿的流浪妖怪「燖」。
　　由於受到人類社會的常識規範，使得吳一直無法找到解決事件的線索；
　　相對的，_則順利地追查到了御座眾成員之一的河童。
　　正當_手持來福槍瞄準河童時，另一對百合音與鴉剛好也在此時出現，
　　他們才是透過新宿的龐大意識而誕生的全新城市守護者……