某日，梦原希在学校图书馆找到一本名叫魔法心愿PDA（Dream Collet）的书，并遇见来自帕鲁米埃王国的可可。可可是为了恢复被恶梦军团破坏的王国而寻找魔法心愿PDA。要使用魔法心愿PDA许愿，必须收集55个光之精灵。美美为了完成可可的心愿，跟其他4名同伴一起变身成光之美少女（プリキュア，Pretty Cure）跟阻碍帕鲁米埃王国复原的恶梦军团战斗。

官方网站：http://asahi.co.jp/precure5gogo/美美等人消灭恶梦军团后，回归往日和平日子某日，于美美面前出现一位少年，他交给美美一封神秘的信。“我们于玫瑰疗园恭候光临……”写信者“芙罗拉”留下这段不可思议的讯息后消失，然后信件就变成了玫瑰契约（Rosepad）。突然间新敌人出现！送信少年此时变成了巨大燕子，带美美脱离险境。可可及果果了解到新危机的降临，于是前往美美的世界，给她们新的变身工具光之手机，变身成新的光之美少女。为解开玫瑰疗园之谜而努力。

　　2006年，为配合NDS版（钻石、珍珠版）的上市，TV动画同步推出全新系列《神奇宝贝钻石&珍珠》（Pokémon Diamond & Pearl，简称DP）。对战开拓区篇结束后，小遥为了独自挑战城都地区的华丽大赛和小智告别，小胜回到了橙华道馆，小刚也回家去了。小智则受到了小茂的激励，独自带着皮卡丘和偷渡的长尾怪手前往神奥地区挑战联盟。
　　新登场的女主角小光，其蓝本取自电玩NDS版。为了成为顶尖协调训练家，小光从家乡双叶镇来到了位于真砂镇的山梨研究所领取最初的神奇宝贝。而同一时间，小智也抵达神奥地区，并在那里和小刚再度会合。机缘巧合，小光救了被火箭队抓走的皮卡丘，三人就一同结伴旅行，展开了新的旅程。
　　《神奇宝贝珍珠&钻石》每周四在日本首播。台湾也由中视进行转播，网络上能够找到前105集的国语配音。