主人公游城十代在前往决斗学院的入学考试途中,与传说的决斗者武藤游戏相遇,并接受了武藤游戏的一张卡片。但是十代最终迟到并错过了考试。为此十代恳求克洛诺斯教授让他通过考试,并由此展开了决斗者之路。
幕末时期,维新派在传奇的刽子手拔刀斋绯村剑心(凉风真世 配音)引退后,选出同样具有高超剑术的志志雄真实(池田政典 配音)继续着暗杀任务。在维新即将获得胜利之际,为掩盖种种不可告人的秘密,新政府密谋杀害志志雄。谁知全身遭到重度烧伤的志志雄却从地狱活转,怀着巨大的仇恨制定了“京都破坏计划”,他的手下网罗了四乃森苍紫、濑田宗次郎、宇水、张等一大批高手。与此同时,剑心、京都御庭番众、斋藤、比谷清十郎纷纷行动起来,朝向京都进发。一场决定历史命运的大战即将拉开序幕……
本片根据和月伸宏的同名漫画改编。