埼玉县,新越谷高校。这年春天入学的武田咏深,在那里与儿时好友的山崎珠姬重逢。中学时代,由于没有捕手能接住咏深的球,因此她那激烈变化的“魔球”无法投出,于是中途放弃了棒球。但在强豪队伍中磨练了实力的珠姬,成功地接下了咏深的变化球。实现了幼时的约定,再次相遇的两人,与同班的川口姐妹及其他同伴们一起让停止活动中的棒球部复活。目标是全国!新生·新越谷高校棒球部的挑战从这里开始——
堪称动画史上的最强对决到来!传奇大盗鲁邦三世(栗田贯一 配音)和他的战友次元大介(小林清志 配音)、石川五卫门(浪川大辅 配音)来到东京,以怪盗基德之名挑战日本警察和柯南(高山南 配音)。在此之后,鲁邦高调寄出预告书,扬言要盗取某银行内的稀世珍宝樱桃蓝宝石,为此国际刑警组织(ICPO)的鲁邦三世专门搜查官钱形幸一警部(山寺宏一 配音)与目暮警官(茶风林 配音)为代表的日本警视厅通力配合,决心给大盗迎头痛击。另一方面,意大利偶像歌手艾米里翁·瓦力迪(入野自由 配音)赴日卡演唱会,但威胁杀害偶像的恐吓信也随之而来。
人声鼎沸的演唱会会场,史无前例的对决拉开序幕……