21世纪,地球回复昔日的和平,但此时宇宙坠下一颗陨石,陨石有一个人工的时空囊。地球和平联盟TPC的GUTS小队通过时空囊了解到地球将有大灾难发生。而此时,时空囊预言的两大怪兽·“哥路渣”和“米路巴”先后出现,GUTS小队便根据预言寻找收藏在金字塔的三大巨人的身体。
几经寻找后GUTS队员们终于找到金字塔,但两大怪兽也到来了。虽GUTS拼死守护,但三个巨像已被破坏剩一个,队员·大伍的战机也被击中,且逃生装置失灵。在危急关头,大伍突然化成光,和最后一个的石像结合。光之巨人“迪加”因此而复活,并与两大怪兽展开了战斗……
在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后,人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日,入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶,他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉(婆裟羅天明 饰)、达拉姆(松田優 饰)及女领袖卡美拉(芳本美代子 饰)。入间极力反对对古迹的触动,但丝毫无法改变上层的决定,最终导致三尊邪神复活,人类再度面临危机。与此同时,圆·大古(长野博 饰)与柳濑·蕾娜(吉本多香美 饰)相知相守,即将步入婚礼的殿堂。可是邪神指挥其爪牙向人类世界发起进攻,早已丧失奥特曼力量的大古,面对当前的危机束手无策。
三千万年前毁灭人类文明的遥远记忆,折磨着重新大古与迪迦奥特曼的神经……