半年前的一连串遭遇,彻底改变了三年级小学生高町奈叶(田村由香里 配音)的人生,她以魔法少女的身份邂逅了可爱的小伙伴尤诺·斯克莱亚(水桥香织 饰),并通过连番激战与深锁着无数秘密和烦恼的菲特·泰斯特罗莎(水树奈奈 配音)成为莫逆好友。新学期开始,菲特以小学生的身份转入奈叶的班级,一切看似进入了平稳期。克就在某个毫无征兆的夜晚,奈叶和菲特遭到手持暗之书的维塔(真田麻美 配音)等三名违法渡行者的袭击,她们的魔导器也被破坏。
新的危机,新的对手,一切朝着不可预知的方向发展……
故事始于2046年,为了追捕侵袭火星的外星人多鲁米斯星人,宇宙探索舰Lysithea号在各地挑选先发人员,初中生美加子(武藤寿美配)也成为一名宇宙员。开始了辗转于火星、太空基地、木星、冥王星等各地的演习。
美加子离开地球后,她的同班同学小昇(铃木千寻配)仍然能收到来自宇 宙的问候——美加子时常发来短信告知近况,只是随着距离的扩大,短信送达地球的时间就会越来越长。“有一天一定能再见面吧!”对方都这么想着。可是,美加子终于杳无音信了。
8年后,小昇在报纸上读到了8年前宇宙军和多鲁米斯星人恶战且几乎无人生还的新闻。此时手机突然响了:“24岁的小昇你好,我是15岁的美加子哦!……”手机屏幕上映出这样的话来。