西歷2017年東京上空突然出現謎之侵入者,其目的一切不明,之後人類與稱之為MU的敵人的超兵器戰鬥,世界各國的軍隊均遭到嚴重的打擊,然而在TOKYO JUPITER形成後地球連軍與敵方形成膠著狀態,直到2027年現在MU的潛在危險仍存在著,地球也持續對抗....... 。

　　分隔在两个世界的爱力克兄弟二人，使用各自的手段尝试着兄弟再会。
　　哥哥爱德华穿过“门”来到真实世界。公元1923年的德国慕尼黑，一场世界大战即将到来。无法在这个世界使用炼金术的爱德华，与长相酷似弟弟的青年爱尔凡斯一起研究火箭的科技，希望借助火箭回到原来的世界。另一边的炼金术世界，弟弟阿尔冯斯修行炼金术，打扮宛若曾经的爱德华，与国家炼金术士们一起寻找找回哥哥的方法。
　　而暗地中，慕尼黑的一个神秘组织开始了寻找理想国“香巴拉”的仪式，连接炼金术世界与现实世界的“门”被打开了。
　　兄弟二人的命运与两个世界的危机交织在一起，爱力克兄弟要面对前所未有的挑战。

　　杏奈がダンナーベースを出て行ってから3ヶ月が過ぎた…。3ヶ月前に大量発生した擬態獣との戦いは、ゴオ＆ミラの活躍によって終息を迎えつつあった。しかし、ミラは原因不明の病によって気を失うことが多くなっていた。 そんな中、擬態獣の出現によりゴーダンナーは危機的状況に…。最後の望みをかけて静流は杏奈を迎えに行くが…。果たして、杏奈はゴーダンナーのピンチを救い、再びダンナーベースに戻れるのか！？そして、封印から目覚めたロボットが今動きだす！！

　　哆啦A梦与大雄驾驶具有时光跳跃机能的“时光齐柏林飞船”，为了寻找自古以来许多冒险家梦寐以求的亚特兰提斯和龙宫城等每个人都曾想像过的梦幻乌托邦，在空中展开了一场大冒险。

　　为了躲避夏日的酷暑，哆啦A梦（水天葵 配音）带着大雄（大原惠美 配音）、静香（嘉薮由美 配音）、胖虎（木村昴 配音）和小夫（关智一 配音）来到了漂浮在南太平洋中的一座冰山上。他们利用道具“冰雕工艺组”打造了惊险刺激而又妙趣横生的游乐园，小伙伴们乐而忘返。可就在此时，乐园突然垮塌，大雄则偶然从冰层中捡到了一枚金环。根据调查发现，金环居然是十万年前的产物。为了寻找它的主人，哆啦A梦一行穿越时空。在古老的南极，他们见到了一座神秘都市，并发现了奇怪的生物。
　　而他们此次的冒险，将与自身以及地球的命运息息相关……

　　六门世界是一个由火、风、水、土、圣和魔六种元素构成的世界，科学家柊一郎兵卫发现了这个世界， 以及前往的方法，即连接两个世界的梦幻通道。 为了取得六件魔法宝物，将现实世界和六门世界联系起来，柊一郎兵卫与他女儿柊六奈，还有六奈的同班同学（也是她男友）大矢门斗，展开了到六门世界的冒险之旅。......

　　来自异次元的种族MU占领了东京，并将城市隐藏在巨大的防护壁之后，他们欺骗在东京生活的人们他们已经成为世界上仅存的人类。在防护壁之外，名为“TERRA”的反MU组织声势渐渐壮大。某日，在同MU激烈交火之时，一位名为神名绫人（下野紘 配音）的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中，在这里，绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”，并且成为了它的驾驶者。
　　在神秘女子的紫东遥（久川绫 配音）的带领下，绫人来到了防护壁之外，加入了TERRA，并且在那里遇见了名为如月久远（桑岛法子 配音）的女子。MU组织对TERRA发起了进攻，当TERRA的存亡陷入危机之中时，绫人再一次驾驶着Rahxephon，成为了这个组织的救世主。

　　在家长重重压力下想要离家出走的大雄（大原惠美 配音）、胖虎（木村昴 配音）、小夫（关智一 配音）和静香（嘉数由美 配音），在哆啦A梦（水田山葵 配音）的协助下来到了七万年前的地球。在创造属于自己的世外桃源时，他们偶遇神秘少年古古儿，继而被卷入了光明族和黑暗族的部落争斗之中。大家齐心协力智斗巨尊比，不想却发现了一个惊天秘密……

创圣纪0011年的地球，由于11年前的大异变，人类丧失了2/3的人口。
　　南极冰山溶化，1万2千年前灭亡的亚特兰蒂亚重现于世，拥有双翼的「堕天翅族」苏醒了。他们将生物机械兵器「神话兽」接连送入人类的都市，捕获人类，摄取生体能源「Purana」。
　　另一方面，人类决心反击，从海底遗迹发掘岀三台组合（hybrid）战斗机「Vector Machine」。这是1万2千年前，将堕天翅族逼入灭亡绝境的传说中的兵器。Vector Machine经过合体，「机械天使Aquarion」即将现身。
　　要启动Aquarion，需要能与机体的机械生命感应和共鸣，称为「Element」的人。这要求特别敏锐的五感和纯真的灵魂，因此十五岁左右的少年少女们被选为机师，集中起来。
　　而后，「机械天使Aquarion」合体的时刻终于到来…

　　一天，大雄和静儿、技安被强夫邀到家中参观恐龙化石。当然，大雄免不了又被强夫取笑一番。为了要做强夫面前争一口气，大雄夸下海口，恐龙化石没什么了不起，他要让小伙伴们见识一下真正的恐龙！
　　奇迹再次发生在大雄身上，他真的找到了一颗活的恐龙蛋！大雄和叮当在家将小恐龙孵化了出来并在公园里暗中饲养。小恐龙比助一天天长大，公园有怪兽的消息传遍了日本。为了小恐龙能健康成长，大家决定将小恐龙用时光机送回白垩纪。
　　没料到，一个神秘人暗中跟踪他们，也来到了白垩纪想要虏走比助。为了保护比助，叮当、大雄、强夫、技安和静儿再次来到了白垩纪……