故事叙述父子三鼠住在河边过着平静的生活，原以为能在河畔眺望河光度过一生，死后化成雨、汇成小流，与喜爱的河川永远融合一体。不料，东京都建设局打算兴建工程将河川铺成暗渠，它们只能离开家园，展开漫长惊险的旅程。
征历1935年，欧洲大陆被东西两大武力强国一分为二。他们分别是实行君主专制的东欧罗巴帝国联合（简称“帝国”）和提倡民主共和的大西洋联邦机构（简称“联邦”）。为了争夺欧洲大陆的霸权，两大集团爆发了规模宏大的战争，史称“第二次欧洲大战”。就当整个欧洲国家都被卷入战火之时，却有一个小国宣布中立，试图独善其身，它就是卡利亚公国。只是，在这个疯狂的时代，又有谁能真正置身事外？卡利亚因此遭到帝国入侵。
为了拯救美丽的故乡，居住在卡利亚边境城市的青年维鲁金•吉由塔毅然加入义勇军。他的父亲曾是第一次欧洲大战的英雄，籍着命运的安排，这个立志成为自然课老师的青年也披上了戎装，投身到历史的洪流中去……
沙漠之国阿拉巴斯坦，虽然当地气候恶劣，但是国王寇布拉爱民如子，为了将国家建设成美丽的绿洲始终和百姓不懈努力。然而就在两年前，奇怪的现象离间了国王和百姓的关系。因为容易引起纷争，世界各国已严禁使用名为Dance Powder的降雨粉。但是阿拉巴斯坦曾大量购入Dance Power，在此之后，除国王所居住的阿鲁巴纳降雨正常外，该国其他区域全部为干旱所统治。一些民众认为寇布拉为己牟利，在克罗克塔尔的煽动下，反叛军揭竿而起，国家危在旦夕。
寇布拉的女儿微微公主逃离国家，与路飞等人结伴而行。他们偶然遇见了会变换各种容貌的孟德勒，从而得知克罗克塔尔的阴谋。海盗团扬帆起航，向阿拉巴斯坦进军，一场沙漠大冒险就此展开……
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