故事的地点发生在这个整年都会不可思议地开着樱花而出名的新月型岛--初音岛。
　　梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了。两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯一进入风见学园，继续过着校园生活。他的口头禅“好困”消失了，变成了勤勉努力，热衷体育的开朗青年。此时，他的两个妹妹，两年前离去的朝仓音梦..

世界的中心，盖特皮亚，过去是无边无际的荒芜不断的魔境。　　女神从天而降，天空中出现了巨大的“门”。人们在“门”里发现了维持着世界的奇迹源"kirakuri"存在。　　随着岁月的流逝，盖特比亚作为城市发展起来。　　在"门”迷宫中专内采集"kirakuri"的宝物猎人出现。维持世界奇迹般的能量，委托给了"kirakuri"猎人的手。　　主人公凑有一天突然被青梅竹马的优托莉亚叫了出来。　　在抱着淡淡的期待去了那个地方，凑被优托莉亚告知了“我...我觉得你很适合当社长!”就这样继承了上一代的遗迹，凑的社长冒险生活开始了。

　　很久很久以前，位于天空的白之王国和位于地上的黑之王国，一边保持着〈均衡〉一边进行着〈循环〉。但在某一时刻，强大的暗之王出现了。暗之王在侵略白之王国的同时，为了讨伐眼中钉巴尔而提议结下盟约。光之王艾莉丝，相信了使者阿德尔所说的盼望〈均衡〉的言语而结盟。即使在遭到阿德尔袭击之后，艾莉丝仍然相信斩杀了阿德尔的暗之王子，并立下一同为世界带来和平的〈约定〉。但两人的〈约定〉却遭到暗之王的践踏。不只是白，就连黑也企图毁灭的暗之王。发觉这一点的暗之王子，在地底发出哀叹之后，得到了飞越天空的力量，前往艾莉丝所在之处。暗之王子在镇压暗之军势，向艾莉丝伸出手的同时，一个世界宣告了终结……

如月龙司（下野纮 配音）只是一介普通高中生，没想到表姐七尾英理子（野上尤加奈 配音）从国外带回来的一个神秘木箱彻底颠覆了他平凡的命运。在木箱中的，躺着一个叫萝丝（钉宫理惠 配音）的金发少女。少女对龙司一见钟情，而面对少女火热和直接的表白，龙司只是感到十分的困扰。就这样，龙司和萝丝的“幸福”生活开始了。 萝丝的真实身份为龙之少女，她的失踪在黑道上引起了轩然大波。为了夺回萝丝，黑道派出了邪恶的黑暗组织。在波折中，龙司逐渐发现了自己对萝丝的真正心意，为了保护自己所爱的人，他决定拿出勇气和力量，于黑恶势力决一死战。

曾经，来自海洋的神秘敌人“塞壬”向人类发起了猛烈的进攻，“碧蓝航线”的少女们凭借着她们钢铁般的意志与敌人奋勇作战，最终击败了对手，守护了人类。然而，随着时间的流逝，碧蓝航线内部因为理念的差异逐渐产生分化，衍生出了名为“赤色中轴”大的对立阵营。　　被称为“灰色的幽灵”的最强英雄企业（石川由依 配音）、每天都迷迷糊糊但关键时刻意外的顶用的拉菲（长绳麻理亚 配音）、虽然年纪不大但成熟体贴的大黄蜂（山本希望 配音），个性好强但心地善良的哈曼（伊藤明日香 配音），面对动荡的时局，当这些少女们再一次被推上战场，会发生怎样的故事呢？

　　加奈（丰崎爱生 配音）打小父母双亡，如今，就连一直以来相依为命的祖母都离她而去，面对这个陌生和凶险的社会，小小的加奈该何去何从？在误打误撞之中，无家可归的加奈住进一家名为“风新”的报纸销售点，在那里，她将以打工的方式来支付她的房租。
　　在报社中，加奈遇见了许多善良开朗的朋友们，年纪小本领大的小学生代理社长天野咲妃（水原薰 配音）让加奈很是崇拜。再加上活泼淘气的同行北冈梦（广桥凉 配音）和外表御姐内心却有些天然呆的南有纪（远藤绫 配音），以及竞争对手“华日新闻专卖所”的送报娘久地院美华（钉宫理惠 配音），加奈的生活一下子就变得精彩起来。

日本伊豆群岛中有一个名为六轩岛的岛屿，该岛是富豪右代宫家的私人领土，有关于该岛的流言从未停息。一条游轮正向岛屿驶来，船上乘坐的均为右代宫家族的族人，他们来到六轩岛，是为了参加一年一度的家族会议。岛主右代宫金藏（麦人 配音）因沉迷于黑魔法研究和酗酒身体早已不堪重负，族人们此行正是为了讨论他巨额遗产的分割问题而来。表面上和气的亲戚们，每个人的心中都打着有利于自己的算盘。作为次男家的独子，战人（小野大辅 配音）抬头望去，海猫在天空中盘旋，暴风雨就快要来了。 岛上发生了猎奇杀人事件，自私的族人们接二连三的以惨绝人寰的姿态被杀害，而谋杀的手段，怎么看都不像是人类所为。难道真是传说中的魔女贝阿朵莉切（大原沙耶香 配音）前来复仇了吗？怎么都无法相信的战人为了找到真相，和虚幻中的魔女展开了一场又一场的严酷对决。

濑能名津流（井上麻里奈 配音）只是一个普通的高中生，但是，某一日，被选中的他居然变身成为了女体！并且，一只陪伴在他身边的内脏玩偶切腹虎（野村道子 配音）开口说起了话。切腹虎告诉濑能名津流，他被选中成为...

　　库特与直枝理树成为恋人，顺利结束修学旅行的另一个“Little jijikb.com Busters！”的世界。男生宿舍在翻修工程中发生漏水事故，导致宿舍无法继续使用。对于走投无路的理树，库特以“室友还在募集中…”为由伸出援手。就这样开始了和库特一起度过的暑假，这给他们带来了各种各样的新任务。理树和库特最后得到的东西是......？

　　月臣学院高等部一年级的鸣海步（铃村健一 配音）拥有着极高的智商和缜密的推理能力，但即使是这样，小时候的他也一直都生活在哥哥鸣海清（井上和彦 配音）的阴影里。令他意想不到的是，两年前的某天，哥哥留下了“诅咒之子”的讯息后神秘失踪了。对于哥哥的失踪，鸣海步一直都耿耿于怀，他既想得知一直敬仰的哥哥的下落，又想弄清楚哥哥一直痴迷于研究的所谓的“诅咒之子”和“不为人知的真相”究竟是什么。鸣海步结识了学姐结崎雏乃（浅野真澄 配音），后者在校园中的巨大情报网络为鸣海步的追踪提供了便利。随着调查的发展，一个足以颠覆鸣海步的世界的真相渐渐地浮出了水面。
　　动画片改编自漫画家城平京的同名漫画，该作因其轻松的校园风格和严谨的推理在读者中积累了巨大的人气。