2002年冬天，横浜大桥突然被战斗机炸毁，媒体虽然报导此为自卫队战机所为，但实际上这架战机却并不存在。民众广泛对自卫队产生了不信任感。特车二课第二小队的后藤（大林隆介 配音）队长察觉此事与在99年的那场事件中失踪的自卫队队员柘植有关——1999年，日本陆上自卫队的机器人 小队在一次联合国维和行动中遭到全歼。而柘植是特车二课第一小队队长南云（榊原良子 配音）原来的恋人。民众的不信任感达到了顶峰，处于戒严状态的东京面临着大骚乱，人们被即将爆发战争的危机笼罩着。在自卫队王牌队员荒川的帮助下，后藤（大林隆介 配音）和南云追查到了柘植的下落。后藤招集起泉（富永美伊奈 配音）、篠原（古川登志夫 配音）等特车二课原来的成员们，启动PATLABOR机器人进攻柘植的根据地……
　　本片是押井守导演推出了《机动警察PATLABOR》的第二部剧场版。

　　在一个风雨交加的晚上，一伙神秘的人策马狂奔向下田村的方向，之后这个村子就爆发了一场瘟疫，所有的村民都死了。在望月番番主的首肯下，甲贺组众忍者前往该村调查，不料路上遇到一个刀枪不入的彪形大汉的袭击，只有忍女阳炎（筱原惠美 配音）在一个男子的帮助下虎口逃生。帮助阳炎的这个人 就是牙神兽兵卫（山寺宏一 配音）， 不久之后他中了那个大汉的埋伏，两人一场血斗，最后兽兵卫险胜。这时一个自称是将军手下公义的小老头浊庵（青野武 配音）出现在兽兵卫面前，原来被杀死的大汉是鬼门八人众之一，将军对头的手下，浊庵等公义一直在跟踪他们，但其他公义都被杀了，只有浊庵一直跟踪到这里。浊庵的连哄带骗加诡计，以一百两雇兽兵卫协助他掉查此事，而且据他说鬼门八人众的头是已经被兽兵卫亲手杀死的冰室弦马（乡里大辅 配音），难道死人还能复活？在与鬼门八人众的交手中，阳炎再次出现并且救了兽兵卫，但她说这只是为了报恩。真的是这样吗……

　　连续的破坏活动出现在东京湾附近。城南署的刑事久住及秦负责此案的调查工作。调查中，秦认识了担任大学讲师的冴子，并渐渐地对她产生了好感。之后，秦与久住在东京湾上的储备基地遭遇了将人类一个个吞噬的异型怪物，原以为这个怪物就是连续袭击事件的真正凶手，没想到怪物遗留于现场的肉块，却让整个事件产生了翻天覆地的大转变，事件的内幕波及到了警视厅、防卫厅及特车二课，甚至还发现了秦所不知道的冴子的另一面。光明下是令人惊愕的真相，黑暗中自卫队已经开始行动。正当秦不知所措之时，怪物再度出现于东京湾。为了结束这场悲痛的战役，机动警察部队挺身而出。