2005年突然入侵的宇宙海贼团“迪斯卡尔”在地球收齐了12个宇宙胶囊，并利用其力量完成了对地球的征服，整个地球被黑暗笼罩。到了公元2500年，统治地球的宇宙海贼的后代“新迪斯卡尔”以地球为基地对多个文明星球发动侵略战争，地球和其他星球的人组成反抗军将一支小型舰队送入虫洞回到2005年，为的是阻止当年的宇宙海贼改变历史。而察觉到反抗军动向的“新迪斯卡尔”也派出军队穿越虫洞回到2005年，关系到现在和未来的超时空大战开始了……

本作品描述主角健太郎（けんたろう）与结城瑞穂为首的女主角们之间的恋爱故事，酌取和《同级生》相同类型的基本剧情与地图移动式冒险的系统，游戏内时间设定为1年，尝试描写出关系慢慢加深的爱情之作品。然而该尝试在玩家立场来看，无法否定游戏时间的漫长造成出疲惫感之破绽。此外，不用攻略本来玩的话难度相当高，这点也是个负面评价。与《同级生》最大的差异点在于，依照持有金额的多寡，能够比对谈或约会所持金次第更容易提升女主角的好感度。但是也可能造成因此无法拜见事件，并不方便使用。附带一提，标题虽然为《下级生》，不过登场人物中的下级生并不多。这点与《同级生》里只有少数同级生一样，推测是反应出制作当时*游戏的风气。

　　頼瀬学園の柴門たまきは、今日もある人物を探していた。彼女がマネージャーをつとめる「キックボクシング同好会」の唯一の選手であり幼なじみの織屋浪馬。才能も実力もあるのだが、同好会になかなか顔の出さない幼なじみに練習させるのがたまきの日常。そしてそれから逃げるのが浪馬の日常。でも、今回の浪馬のサボリには理由があったが、たまきがそれに気付くこともなく、いつもと同じ気持ちで浪馬を探していた。そんな時、紙飛行機を見つけたたまきは何気ない気持ちでそれを取ろうする。そしてそこで、不思議な雰囲気を持つ少年に出会う。少年の名はシュン。彼との出会いが二人の日常に色を与えていく。それはかけがえの無い日常、青春と呼ばれる宝物のような時間の始まりだった。
　　アニメオリジナルのキャラクター・"シュン"を通して少女たちの切ない想いをより鮮明に描き出す。美少女ゲームファン待望の門井亜矢が描く魅力的なキャラクターたち。"青春"と"時の流れ"をテーマに織りなすもうひとつの「下級生２」の世界。今、切ない青春純愛ストーリーが始まります。
　　この秋、話題のテレビアニメ「下級生２～瞳の中の少女たち～」から目が離せない。

　　奇力男谢洛（森久保祥太郎 配音）自幼失去了双亲，沦为孤儿，在孤儿院过着孤苦伶仃的生活。期间，他结识了名为阿丽莎（筱原惠美 配音）的女孩，两人相依为命，共同来到牙之塔学习黑魔法。实际上，奇力男谢洛一直默默的爱慕着阿丽莎，可是，在阿丽莎的眼中，奇力男谢洛仅仅是一个需要她照顾的弟弟一般的存在。
　　阿丽莎喜欢的，是她的老师查尔德曼（中田让治 配音），然而，查尔德曼却拒绝了阿丽莎的表白。伤心之中，阿丽莎开始沉迷于对力量的追求，并且最终遭到了反噬，变成了可怖的怪兽。为了让阿丽莎恢复原来的养子，奇力男谢洛化名欧菲，踏上了漫长的旅途。

　　十冻京（浅沼晋太郎 配音）是一名活泼善良的高中生，担任着游泳部部长的职务，对生活和学习充满了热情。某日，十冻京偶然邂逅了名为三崎紫雫乃（川澄绫子 配音）的转校生，却没想到这场邂逅改变了十冻京的人生，亦改变了整个世界前进的轨道。
　　一场意外令十冻京被卷入了机器人之间的激烈战斗之中，温柔体贴的守凪了子（花泽香菜 配音）、学生会会长岛（坪井智浩 配音）和副会长港（井上麻里奈 配音）皆未能幸免，日常的校园生活被打破，非日常的危险与敌人接连来袭，在一场又一场九死一生的战斗之中，一个关于“现实世界”和“虚拟世界”的秘密渐渐露出了真正面目。

　　『ゼーガペインADP（Adaptation、アダプテーション）』は、2016年10月15日より10周年プロジェクトとして劇場公開された。
　　あらかじめ設定した期間のシミュレートをひたすら繰り返すという設定を生かし、第1話のアバンに描かれる戦いに至るまでの物語が繰り返されるループ（劇中で明示されているのは4回）と共に描かれる。一方、ドラマCDとは設定に一部齟齬が見られる。