被人类用基因技术克隆出来的最强宠物小精灵超梦(市村正亲 配音)带着对自我身份的疑惑和对人类强大的愤怒逃离了科研所,它宣布要对制造出自己的人类进行复仇。
已经得到了八个勋章的小智(松本梨香 配音),以成为宠物小精灵训练大师为目标而不断的旅行,他带着皮卡丘(大谷育江 配音)和同伴小霞(饭冢雅弓 配音)小刚(上田佑司 配音)刚结束了和训练家的对战,接着收到了一封神秘人的邀请函,邀请他们参加世上最强的小精灵训练家的宴会。地点是新岛宠物小精灵城,这是最强训练家的邀请。他们很痛快的答应了,小智一行人穿过了狂风暴雨的海岸终于到达了新岛。一位叫乔伊的医生带领他们来到了宠物小精灵城,介绍最强的宠物小精灵训练家出场。没想到出现在大家面前的竟然是超梦。超梦的报复究竟是什么呢,一场大战即将开始......
小新一家还有风间,妮妮,正男,阿呆一起报名动感超人周年纪念南海之旅,就在动感超人电影的船上首映会上,突然出现了一群粗暴的猴子将大人们都掳走了。春日部防卫队为了救出大人们而出动,小新一行人冒险渡海到南海上的一座荒岛希望可以查出发生了什么事,但本应在船上小葵和小白竟突然出现,小新还发现另一辆古怪的船......