外宇宙から現れた謎の光が地球に向けて進んでいく。その光球飛行物体が通り過ぎていった各惑星の前線基地からの通信が次々と途絶し、さらに光球飛行物体は急速に地球に接近、地球側も迎撃ミサイルで応戦するも効果はなく、地球上に悠然と降り立ったそれは、超大型ミサイルであった。そして後から地球に押し寄せて来た大艦隊の奇襲攻撃に地球艦隊は為すべも無く壊滅し、地球は瞬く間に制圧される。
暗黒星団帝国はヤマトの在処を示せと要求、超大型ミサイルは重核子爆弾で、地球の中間子質量を破壊し、人類の脳細胞を一挙に死滅させることが出来ると脅してくる。
古代達ヤマトの乗組員達は、英雄の丘に集結、森雪のもたらした地球防衛軍長官からの極秘命令を受け小惑星イカルスへと向かう。しかし森雪は途中で負傷し、一人だけ地球に取り残されることになる。地球から決死の脱出を果たした一行がイカロスに着くと、そこにはヤマトが隠されていた。
ヤマトの乗組員たちは、重核子爆弾の起爆コントロールが敵母星であることを突き止め、爆発を阻止するために40万光年の航海に旅立つ。
スペシャル・デザイン:吾妻ひでお、いがらしゆみこ、いしいひさいち、大友克洋、高野文子、高橋留美子、竹宮惠子、とり・みき、鳥山明、細野不二彦、御厨さと美、和田慎二
某日,小新(矢岛晶子 配音)一家人来到一间废弃的电影院中寻找失踪的风间(真柴摩利 配音),哪知道竟被吸入了荧幕之中,穿越到了一个名为“正义之都”的西部小镇内。这里的统治者是名为杰士提斯(小林清志 配音)的男子,在他的铁腕政策下,居民们生活得十分压抑困苦。
在酒吧里,小新找到了风间,可此时的风间已经成为了小镇里的警长。之后,小新邂逅了名为小椿(齐藤彩夏 配音)的女孩,她不仅屡屡向小新一行人伸出援手,还替他们找到了安身之所。小椿希望有朝一日能够推翻杰士提斯的统治,小新决定助她一臂之力,广志(藤原启治 配音)发现若是想要从电影中脱身,那就必须顺应剧本将电影演完,一场精彩的大戏就此拉开序幕。
男孩卡克的父亲是一名童话小说家,善良率真的他因为一篇童话惹恼了邪恶的黑暗皇帝,黑暗皇帝绑架并且囚禁了他。为了救出父亲,卡克踏上了漫漫旅途。黑暗皇帝得知此事,派出了许多爪牙,意在阻挠卡克的行动。
一路上,一匹青色的小马布林克一直不离不弃的跟在卡克的身边,每当卡克遇到了困难举步维艰之时,布林克都会给予卡克勇气和力量。随着时间的推移,卡克离故乡越来越远,离充满了危险和黑暗的目的地越来越近。途中,卡克结识了许多志同道合的朋友们,众人披荆斩棘,携手前进,彼此之间结下了十分深厚的友谊。然而,最终,这些朋友们却一个接着一个的消失了,巨大的打击之下,卡特醒来了,原来这悲伤的一切,都只不过是卡特的一个梦罢了。
===Silent Möbius 2 劇場版(下篇)===
故事是上一集劇場版的連續,繼續以2024年為背景。母親死後,香津美的心裡未能接受父親的遺產 -『魔法』、母親的死去、平凡生活的完結、及被迫加入AMP等等的事情。一臉怒火地就向AMP等人發泄,卻不得要令。心灰意冷的她意圖放棄自己,卻在這時遇到了生命中的注定的好友 - 彩弧由貴。由貴的熱心支持使她重拾做人的信念,最後接受了自己的命運。
描写的是从宇宙历七九五年、帝国历四八六年十月的第三次迪亚马特会战到宇宙历七九六年、帝国历四八七年二月的亚斯提会战之间的情节。帝国军的年轻上将莱因哈特和同盟军的不败英雄杨威利在片中初次显示了他们的实力。它的配乐采用了交响乐来衬托其气势,舰队对战时声势甚为浩大。
片中还穿插了杨、拉普和洁西卡的三角关系。除此以外,基本上是正传的1、2集的重复与补充。