本作主人公冈部伦太郎（宫野真守 配音）是个患有严重中二病的大学生，自称为“凤凰院凶真”的他和伙伴们组成了“未来发明研究所”，在位于秋叶原的一个简陋实验室内进行各种古怪发明和调查。　　2010年7月28日这天，冈部和青梅竹马真由理（花泽香菜 配音）一同去了科学讲义会场，在那里，他们遇见了天才少女牧濑红莉栖（今井麻美 配音）。让人意想不到的事情发生了，冈部在会馆楼道内听到一声惨叫，他闻声而至，发现了倒在血泊中的牧濑。冈部用手机短信将这件事告诉好友桥田至，这个举动，让世界都颠覆了。实验室里那个所谓的“未来道具”，竟然真的可以左右世界的进程，冈部自此成了孤独的观测者。　　这一切都是命运石之门的选择。

故事介绍舞原音乐大学附属舞原高中，通称“舞舞”。这是个聚集全国音乐家种子的地方。其中有一个谜之传闻：“在学园祭上展示自己的才华的话，好像会得到神秘的学分”。这样的传闻便造就了这样的乐队！明坂芹菜:新田惠海御形爱丽丝安娜:福原绫香天王洲荠:山本彩乃小佛凪:佐仓薰箱部鸣:M·A·O月铃白奈:高野麻里佳月铃那知:今村彩夏

　　晴朗的一天，一枚硕大的陨石从天而降，坠落在日本福冈县大野市。陨石带来的恐慌远不止于此，此后不久，一种俗称“冷血病”的神秘绝症悄然蔓延，甚至连高高在上的美国总统也患病身亡。一时间，陨石是冷血病根源的传闻甚嚣尘上，世人无比恐慌。而在空间站上，宇宙红十字联盟特别调查官热血人面犬接受了调查真相的重任。九个月后，某间音像店内，电影学院毕业的少女小津爱憧憬美好的未来，可是死宅店长却各种古怪创意不断，让她疲惫不堪。这一天，店长患上冷血病，对小爱恶言恶口，关键时刻热血人面犬出现，解除了小爱的危机。
　　但是绝症继续蔓延，人类灭亡在即……

　　命运石之门×IBM推出新作动画系列短片：IBM与《命运石之门》的合作企划官网开放，并制作了新作动画短片系列《聪明睿智的认知计算》，讲述了IBM提倡的次世代认知型计算系统融入并改变了冈部等主角们生活的故事。

哲志和好朋友们因为准备文化祭而留在学校，他们七人玩起了讲鬼故事的游戏，不久老师带着哲志的妹妹来了，催他们回家。临走前，喜欢鬼故事的班长提议他们用咒符玩“幸福的幸子”，来祈祷他们七人友谊永存，永远在一起。然而当他们举行完仪式，奇怪的事情发生了，教室突然猛烈摇晃起来，一阵巨响后地面轰然坍塌，所有人都掉了进去。等他们醒来后，发现自己身处一个古旧的小学校舍里，这所废弃学校门窗紧闭，恐怖诡异。直美发现了昏迷的世以子，二人随后一起行动，企图离开这个可怕的校舍。但是更可怕的事情在后面等着她们，受害者一个个地出现。在这所名为“天神小学”的古老学校里，究竟是谁操控着这一切……

　　主角有马拓也为一个无所事事的高中生，他父亲是历史学家，却在研究时失踪，留下他与继母两人相依为命。暑假时主角收到父亲寄来的包裹，里面有一个罗盘和三颗水晶珠，以及一封写着「时间是可逆的，历史是不可逆的」云云以及一些关于平行世界概念的信，并交待主角晚上去当地有名的地标剑之岬去见一个人。                                    
                               　　拓也晚上如约来到剑之岬，发现自己的继母亚由美和父亲研究夥伴龙藏寺幸三都在场。原本和蔼的龙藏寺突然翻脸要有马把收到的邮包交出来，并拔出枪来威胁他，千钧一发之际，一道闪电落下劈在了神社的御神石上，拓也就此晕去。等拓也甦醒过来周围已经旁无一人，回家睡了一觉后才发现不对劲。继母和龙藏寺完全不记得昨晚发生的事情，此时他才发现原来父亲寄给他的遗物是可以让人在平行世界自由穿梭的神奇道具，于是他为了找到父亲真正的下落展开了一系列调查。                         

　　2010年11月“β世界线”——主人公·冈部伦太郎跨越无数的苦难与悲哀，终究还是放弃拯救“她”的世界线。跌落失意谷底的冈部伦太郎。担心着他的同伴们。没能得到拯救的“她”将会变得如何？迎来新的角色，描绘而成的“零”之物语。

　　2010年11月“β世界线”——主人公·冈部伦太郎跨越无数的苦难与悲哀，终究还是放弃拯救“她”的世界线。跌落失意谷底的冈部伦太郎。担心着他的同伴们。没能得到拯救的“她”将会变得如何？迎来新的角色，描绘而成的“零”之物语。