故事发生在遥远的未来,肆虐的异生兽给人类的安全带来了巨大的困扰,为了抵挡异兽的进攻,日本政府成立了防卫组织TLT,其中,夜袭队拥有着最强大的实力和最强劲的武器,是整个组织内部的中坚力量。
然而,面对经过了进化的新型异生兽,夜袭队亦束手无策,在这个节骨眼上,光之巨人奈克瑟斯奥特曼和它的适能者姫矢准(桐岛优介 饰)出现了。在奈克瑟斯奥特曼创造出的美塔领域中,奥特曼和异兽之间展开了激烈的斗争。孤门一辉(川久保拓司 饰)是TLT里的新进成员,当他目睹了奈克瑟斯奥特曼强大的力量后,开始对奥特曼的起源和姬矢准的神秘过往产生了兴趣。
寒冷的北海道钏路,可爱的高一新生高桥七美(ささきのぞみ配音)刚刚入学便结实了英俊帅气被全校绝大多数女生喜欢的矢野元晴(矢崎广配音)。从最初的心存反感到后来的神思牵挂,七美对元晴的情感也悄悄发生着变化。可是,元晴似乎藏着难以为人道的孤独和忧伤。原来他曾有一个相互爱恋的女友山本奈奈(ゆりん配音),但是一场事故夺去恋人的生命。终于有一天,七美鼓起勇气向元晴表白,元晴也向这个单纯执著的女孩打开心门。从这一天起,这对恋人以及他们身边所有的好友开始经历着一段交织着苦乐辛酸的青春爱情之旅……本片根据小畑友纪2004年荣获第50回小学馆漫画赏少女部门嘉奖的少女纯爱漫画《我们的存在》改编。