黄金国王和猫眼石王后相爱结合，诞下了可爱的银公主（德光由香 配音），国王和王后实在是太喜欢这个拥有一头耀眼银发的小姑娘了，无度的宠爱着她，使得银公主养成了十二中坏习惯。武烈女王曾是蜡笔王国的第三十三代女王，她打败了死神的英勇事迹传到了银公主的耳中，使得银公主对武烈女王无比崇拜。
　　一转眼，银公主十二岁了，国王和王后为了庆祝她的生日举办了盛大的宴会，然而就在当天，一位神秘的少年将国王和王后变成了石头，与此同时，复活的死神发誓要向蜡笔国寻仇。为了解除父亲和母亲身上的封印，探寻事件的真相，打败重生的死神，从未踏出过王宫一步的银公主开始了她的冒险旅程。

　　1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。
　　11岁的少年八神太一（藤田淑子 配音），和伙伴石田大和（风间勇刀 配音）、武之内空（水谷优子 配音）、泉光子郎（天神有海 配音）、太刀川美美（前田爱 配音）、城户丈（菊池正美 配音）、高石武（小西寛子 配音）一起参加了夏令营，一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后，八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽，眼看大家都要被抓住的时候，太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽，拯救了他们。进化到底是怎么回事情？数码世界究竟是什么？无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前，精彩的冒险就这样开始了……

　　在纽约出现了一只神秘的数码兽，他利用自己特殊的力量将太一、阿和、阿空、光子郎、美美、阿丈带到了一个陌生的世界。同时，在纽约的八神光和高石武发现了这只数码兽，并且看到一个美国小孩与数码兽对话之后逃走的情况。巴达兽悄悄地尾随其后，得知这个小孩要去一个叫“花场”的地方寻找“夏天的回忆”。大家赶至那里。 收到小光的电子邮件的大辅他们马上坐飞机来到了美国......

　　2012年2月，东京铁塔上空出现了巨大的数码蛋。就在本宫大辅（20岁）和V仔兽修行拉面技艺的时候，遇到了虽然拿着有裂纹的数码器，但身边没有搭档数码兽的迷之青年——自称“我没有数码兽，我的搭档数码兽被我杀了，我是世界上最初和数码兽建立搭档关系的人类。”

　　2012年2月，东京铁塔上空出现了巨大的数码蛋。就在本宫大辅（20岁）和V仔兽修行拉面技艺的时候，遇到了虽然拿着有裂纹的数码器，但身边没有搭档数码兽的迷之青年——自称“我没有数码兽，我的搭档数码兽被我杀了，我是世界上最初和数码兽建立搭档关系的人类。”

　　2010年，曾经的小学生们已经步入大学，太一、阿和等人步上不同的人生道路（八神太一和石田大和将会成长为22岁），而就在此时，数码宝贝的研究者メノア(松冈茉优 配音)却告诉他们：“被选召的孩子们”长大成人后，数码宝贝也将随之消失…。预告中字幕表明这是“太一他们最后的故事” ，结尾则注明：献给所有和数码宝贝一起成长的“孩子”们，还有亚古兽注视着长大成人的太一的背影，“太一，你长大了呢”。

　　在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。
　　数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……

　　奥尔法兽事件过后，随着时间流逝，御台场地区也渐渐复兴著。
　　“回到日本之后，我就决定一定要去大大的澡堂泡澡！”因为美美这句话，加上为了欢迎新加入的伙伴芽心和缅因猫兽，大家前往附近的温泉主题公园。虽然度过了一段开心的时光，但是这儿并没有阿丈的身影。
　　面对高考临近的事实，他在高考和“被选召的孩子们”的使命之间产生了烦恼。“为什么又必须是我们去面对啊？”
　　这个时候，在御台场再度出现了感染的数码宝贝、这是拥有着高傲灵魂的奥加兽。而看着电视中奥加兽的暴走，美美和巴鲁兽决定出击。“必须要让人们知道，也有好的数码宝贝！”
　　然而，美美和巴鲁兽无视光子郎而参与的战斗，却造成了意想不到的结果。各自怀揣烦恼的阿丈与美美。在月岛综合高中文化祭当天，一个男人出现在了他们面前。
　　如今，冒险再度进化……

　　太一等人因为狮子兽的死产生了动摇，而光子郎则提议找出缅因猫兽被感染的真相。但作为缅因猫兽主人的芽心却想不到为何缅因猫兽会被感染。
　　为了防止其他数码宝贝被感染，光子郎在办公室建立了隔离区，然而巴达兽却已经出现了被感染的征兆……此时，数码宝贝们告知了大家一个有关数码宝贝世界的重大秘密。面对秘密的真相以及再度出现的缅因猫兽，太一等人陷入了苦恼当中，而在各自的想法碰撞中，他们也做出了自己的决断……“如果总是想着总有一天会怎么样的话，那么就不知不觉要成为大人了哦。”现在，冒险再度进化。

　　看到搭档望月芽心被有着玄内样貌的神秘男人所伤，
　　缅因猫兽再度开始暴走。
　　“不能让你诞生在世上…”
　　从现实世界消失的缅因猫兽，正是歪曲本身。是拥有过于巨大力量的，毁灭世界的钥匙——
　　西岛大吾以及出现在望月博士之处的黑客兽，逐渐解明真相。
　　保证世界调和的恒常性将现在变得过于强大的缅因猫兽视为危险，而要将其切除。
　　随着暴走的缅因猫兽的出现，现实世界开始进入毁灭前的倒计时。
　　其所波及的地点接连发生异变。因歪曲而现身的数码宝贝们，等待着那一时刻的来临——
　　被选召的孩子们，受到异常的数码世界排斥，返回现实世界，
　　却因为与搭档数码宝贝在一起而遭到人们的追赶。众人陷入孤立无援却仍然拼命地寻求对策，与此同时芽心独自一人持续烦恼着。
　　同伴和数码宝贝的声音，都传达不到因背负过大的负担而遭受打击的她心中…
　　之后，残酷的命运，甚至逼近了灵魂比任何人都率直纤细的八神光身边——