某日,小新(矢岛晶子 配音)、小葵和美伢(楢桥美纪 配音)被一群神秘人物绑架,醒来之后发现身处一间神秘的基地之内,原来,这里是名为“温泉G组”的秘密组织,意在保护对于日本来说十分珍贵的温泉。然而,横空出世的污垢达人博士(家弓家正 配音)企图利用“地球温泉计划”将温泉G组彻底击垮。
唯一能够阻止污垢达人博士的阴谋的,就只有仅存在于传说之中的“黄金之魂温泉”,而组员们经过调查,发现该温泉正好处于小新他们家地下。小新一家人决定帮助温泉G组的同胞们找到黄金之魂温泉,却遭到了污垢达人博士的袭击,并且最终沦为俘虏遭受了酷刑。
小新一家还有风间,妮妮,正男,阿呆一起报名动感超人周年纪念南海之旅,就在动感超人电影的船上首映会上,突然出现了一群粗暴的猴子将大人们都掳走了。春日部防卫队为了救出大人们而出动,小新一行人冒险渡海到南海上的一座荒岛希望可以查出发生了什么事,但本应在船上小葵和小白竟突然出现,小新还发现另一辆古怪的船......