在一个架空的世界，雷瓦姆皇国与天上帝国军爆发旷日持久的战争。雷瓦姆的卡洛皇子率领军队与敌人抗战，时刻盼望战争早日结束能与远在圣•马尔提利亚的未婚妻法娜（竹富圣花 配音）完婚。为了挫败雷瓦姆的士气，天上帝国派兵偷袭圣•马尔提利亚，旨在杀害法娜。为了保护法娜，皇国决定将其送往卡洛皇子的身边，但在漫长的旅途中天上帝国重兵把守，充满艰险。经历了一番挫败后，皇国将这项重任交付给拥有卑贱血统的佣兵——狩乃•查尔斯（神木隆之介 配音）身上，他将独自驾驶最先进的侦察机护送法娜前往目的地。短短三天的旅途，让他们的心中悄悄发生着变化……
　　本片根据犬村小六的原作改编。

　　成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

　　內田一宏是名直升機飛行員的三等空尉，真正想做的事是成為可以以聲速在平流層飛行的戰士， 現實總是不如人意的，在飛行員的學習段階，他被分配到了救難飛行隊里。此小隊現駐扎在小松基地近郊 ，小隊里有嚴格的飛行員前輩和堅強的救難人員及做機械工的女準備員 ，小隊也成了多多少少有點不好習慣的隊員們的聚集之地。事實上，在救援隊隊長村上二佐的率領下此隊是日本最優秀的救援隊伍，在與原先希望不一樣的隊伍中工作的主人公面對航空事故、山岳遭難、地震等各種各樣任務的過程中發現了救援的意義。

　　SIDE6沉浸在一片安宜祥和的气氛中，这里远离战场，几乎从未发生过什么战事，驻守在这儿的联邦军的部队也并不多，这一点，并不使少年阿鲁高兴，因为他是一个军事迷，渴望看一下激烈的战斗场面。一日阿鲁正与朋友们交流时，殖民地内发生了骚动，这是由吉恩的小股侦察部队与联邦发生的冲突所引致，不久，一架受了伤的扎克（改），掠过阿鲁的上空，坠落在离他不远的林间草坪上。
　　被击落的吉恩新兵巴尼，用自己的军衔章换取了阿鲁的摄影机磁卡，这里面记录有阿鲁从联邦的工厂里到的MS组装画面。此外，还有几日前从地球搬来的阿鲁家的邻居红发女郎克丽丝的倩影。巴尼获取的情报，引起了吉恩军的注意，他们立即组建了一支突击小队，执行破坏高达的任务。于是，巴尼所在的小队，依靠一场小规模的战斗的混乱，再度潜入SIDE6。在宇宙殖民地中，巴尼又一次与阿鲁相遇。
　　理想成为MS驾驶员的少年阿鲁，自愿为吉恩突击小队侦察联邦军的秘密基地的位置，并与监视他的青年巴尼成为了好友。一日，巴尼在阿鲁的窗下与克丽丝邂逅，这为巴尼的监视任务带来一分情趣。同时，在突击小队的秘密仓库中，对高达用新型MS--坎普玛正在组装中，计划在圣诞节前，完成破坏阿历克斯的任务。一切准备工作完成后，破坏高达作战展开，由吉恩老兵驾驶的坎普玛，将驻守的联邦部队打得落花流水，并与突击小队配合，很快到达了停放阿历克斯的秘密工厂，阿历克斯NT-1仓促应战，并以性能的优势将坎普玛击败。至此，吉恩突击小队作战失败，小队除巴尼以外全员战死。
　　吉恩突击小队作战失败后，小队唯一幸存者巴尼接到了立即撤离SIDE6的指示。因为吉恩军没有机会再组织力量破坏高达，于是他们打算圣诞夜之前，用核弹摧毁整个宇宙殖民地。巴尼得知消息后，要求阿鲁立即通知家人与克丽丝尽早离开殖民地，但遭到阿鲁的反对。阿鲁希望自己心中的优秀驾驶员巴尼，能击溃阿历克斯挽救殖民地的命运，于是巴尼只得一个独自离开。
　　警方无法相信阿鲁的报警，置之不理。同时，吉恩军搭载核弹头的攻击舰已驶离母舰。阿鲁面对朋友与家人几欲绝望，此刻在机场，巴尼正犹豫不决，最终，他下定决心，为了阿鲁与心爱的克丽丝，以及殖民地的人们，向阿历克斯发出最后的挑战。在阿鲁的协助下，他修复了初次袭击SIDE6时被击落的扎克，用唯一的武器--能量斧对NT-1发起了攻击。与此同时，阿鲁从父亲的口中得知了吉恩军将于数日后签定终战协议，他飞奔着跑向巴尼战斗的地方，但在他面前支离破碎的NT-1的光束剑，已刺穿了扎克的座舱。而救护人员从NT-1的座舱中抢救出的联邦驾驶员那一头秀丽的红发，更使阿鲁呆然……

　　在平常人看不见的空间“护星界”中，居住着一群拥有超能力“护星之力”的“护星天使”，他们遵守着“自己的力量是用于保卫母星地球和人类”这一信条，每当地球陷入危机时，他们便挺身而出。
　　但在某天，护星天使用于往返“护星界”和“地上界”的工具“天之塔”被宇宙虐灭集团ウォースター破坏，护星天使因此无法前往地球。在ウォースター入侵的阴影下，地球危机一触即发……
　　幸好在天之塔被破坏前，有五个年轻的护星天使偶然造访地上界。为了保卫地球，停留在地上界的五人组成了“天装战队护星者”。

　　內田一宏是名直升機飛行員的三等空尉，真正想做的事是成為可以以聲速在平流層飛行的戰士， 現實總是不如人意的，在飛行員的學習段階，他被分配到了救難飛行隊里。此小隊現駐扎在小松基地近郊 ，小隊里有嚴格的飛行員前輩和堅強的救難人員及做機械工的女準備員 ，小隊也成了多多少少有點不好習慣的隊員們的聚集之地。事實上，在救援隊隊長村上二佐的率領下此隊是日本最優秀的救援隊伍，在與原先希望不一樣的隊伍中工作的主人公面對航空事故、山岳遭難、地震等各種各樣任務的過程中發現了救援的意義。

　　美好的周末假期，野原新之助（矢岛晶子 配音）和爸爸广志（藤原启治 配音）一起去看机器人的科幻电影，走出电影后的父子俩兴奋地大玩合体游戏，谁知广志却不慎扭伤了腰。忍受不了老婆的碎碎念，广志去医院看病，可是周末医院休诊，父子俩只得来到公园休息，结果还被妈妈团赶了出去。当父子俩走在回家路上的时候，色色的广志被一家按摩店的美女招待员所吸引，于是把小新打发回家，自己则跟着对方进入店里。从昏迷中醒来的广志以飞快的速度回家，结果吓到了全家人，原来他被美容院改装成机器人。最初的震惊恐惧之后，野原家渐渐习惯了这个家务全能的新爸爸。
　　然而随着城市中机器爸爸越来越多，潜在的危机则悄然浮出水面……

　　佐为已离开，但光的围棋生涯还在继续。接续动画版的剧情，这部是之后推出的OVA，讲述了这群年轻棋手们的北斗杯之旅。
　　经过一番努力和征战，进藤光（川上伦子 配音）终于成为了一名职业棋手，这是对自己能力的认可也是全新的开始。成为职业棋手后的光从棋院那得知了北斗杯的消息，这是为18岁以下的年轻人举办的围棋赛，会有来自中国、韩国等围棋强国的青少年参与。兴致勃勃的光把这个消息告诉了塔矢亮（小林沙苗 配音），亮听到后一脸淡然的说自己已经是北斗杯确定的参与选手了。而光还得参与预选赛，才有资格和亮一起站在北斗杯的现场，通往北斗杯之路就此拉开。

　　宇宙世紀(U.C.)0093年，成為新吉恩總帥的夏亚·阿兹纳布尔對於依然被地球重力所束縛的人類靈魂感到絕望，決心以激烈的手段加以肅正。查知此事的地球聯邦軍王牌駕駛阿姆罗·雷與其所屬的朗德·贝尔艦隊一起與夏亚所領導的新吉恩軍展開最後的決戰...

　　从五次元而来的邪恶军团“嘉克帝国”开始准备进攻地球了。而阻挡他们的是从古代开始就保护地球的艾鲁多兰和他所驾驶的雷神王。可是，雷神王被帝国的司令官贝路塞夫卑鄙的手段所伤，而坠落到地球……
　　雷神王坠落到阳升学园里，艾鲁多兰将操纵雷神王的雷神金属托付给5年3班的学生后逝去……就这样，只有小学生参加的「地球防卫组织」成立。
　　第二天，嘉克帝国的机器人废气邪恶兽·艾提索斯出现。这时，学生们手中的雷神金属闪耀出光芒，当白鸟玛丽亚将雷神金属放到课桌上时，教室变成了司令部。三位学生日向仁、月城飞鸟和星山吼儿成为了剑王、凤凰和兽王的驾驶员，出击迎战“嘉克帝国”的邪恶兽。
　　在战斗中，小岛勉发现三台机器人可以合体，三人最后合体成雷神王，成功地打倒了邪恶兽。
　　就这样，小学生组成的「地球防卫组织」和邪恶的嘉克帝国的战斗开始了……
　　（日文官方介绍）
　　五次元から悪の軍団ジャーク帝国が地球に攻めてきた。その前へ、地球から飛び出した光が立ちはだかる。古代より地球を守ってきたエルドランが操る、ライジンオーである。しかし、帝国の司令官ベルゼブの卑劣な攻撃によって傷を負ってしまい、地球に落下してしまう。そして、帝国の秘密兵器、アークダーマが大量にばらまかれてしまった。その頃、陽昇学園５年３組は居残り授業の真っ最中。そこへ落ちてゆく。エルドランは生徒たちにライジンメダルを託し、地球防衛を頼んで消える。かくして、小学生だけの「地球防衛組」が誕生した。翌日アークダーマは、排気ガス邪悪獣・エキゾーストを生み出した。そのとき、生徒たちのメダルが輝きだす。白鳥マリアがメダルを机に押し込むと、教室がみるみる司令室に変形した。そして、日向仁は剣王、月城飛鳥は鳳凰、星山吼児は獣王のパイロットになる。やがて、小島勉が３体は合体可能であることを発見。ライジンオーに合体し、邪悪獣を倒したのであった。