受到突如其来的怪兽袭击,地球上的人类几乎灭亡。为了人类最后的希望,由7名女性组成的TEAM·U守护着地球上最后的孩子。
与此同时,因为听到呼唤而从其它宇宙前来的赛罗奥特曼、戴拿奥特曼和高斯奥特曼成功与TEAM·U会合。而侵略地球的幕后元凶百特星人,亦把魔手伸向地球上仅存的孩子……
本作承接《奥特银河格斗2:巨大阴谋》,讲述奥特英雄们与阿布索留特人之间惊动银河的命运之战。
同时新的奥特战士——雷古洛思奥特曼和阿布索留特人的战士——迪亚波罗亦将登场。
距离与维克特路基艾尔的决战已经过了一年,光(根岸拓哉 饰)结束了一年的海外进修,回到了日本。此时,咲夜(小池里奈饰)和玛娜(最上もが饰)也一起加入了UPG,组成了新生UPG。然而,和平却没能一直持续下去,雫丘的上空突然出现了谜样的时空城,以及呼喊着“封印所有奥特曼”的超时空魔神艾塔鲁伽和女战士阿蕾娜(小宫有纱饰)。银河和维克特利同UPG一起与艾塔鲁伽、阿蕾娜展开了战斗,但却遭遇了苦战。
战斗中,从别的宇宙赶来的青年春野武藏(杉浦太阳饰)和赛罗奥特曼出现了。为了打倒艾塔鲁伽,赛罗给光、胜(宇治清高饰)进行了特训。UPG也为了解救被封印的奥特曼,和武藏一起突入进了时空城…