在天下失序、列强割据的战乱时代，僧人祥庵将一名孤儿从中国带到了日本。孤儿名叫仔太郎，他背负着一个惊人的秘密。与祥庵失散后，孤苦无依的仔太郎带着爱犬飞丸前往赤池之国的万觉寺，在途中遇见了神秘剑士“无名”。仔太郎遭到追杀，危急时刻无名救了他一命。从此两人结伴同行。性格乖僻的浪人和紧闭心扉的少年虽然磕磕碰碰不断，但渐渐成了好朋友。
　　白鸾率领的追杀组织还是抓住了仔太郎，他们开始着手筹备某种仪式。金发碧眼的剑士“罗狼”也是追杀组织中的一员，他虽然听命行事但并不真正在意组织的目的，对他来说，寻找可以与自己匹敌的对手才是生命的意义。罗狼与无名之间的生死对决拉开了帷幕……

　　在樱花烂漫的季节里，无忧无虑的草帽海贼团尽情享受快乐时光。途中乔巴救上了一个魁梧健硕的家伙，最引人注目的是他的右腕装配了用海楼石做成的机械手腕，凡是触碰过手腕的人均能力尽失。原来此人便是曾经培养出无数优秀弟子的原海军大将Z（大冢芳忠 配音）。苏醒后的Z得知路飞（田中真弓 配音）等人的身份后反目成仇，与随后赶来的下属艾伊（筱原凉子 配音）和宾兹（香川照之 配音）对草帽海贼团予以残酷无情的重创。原来Z因某件往事而对海贼极度憎恨，此时他正酝酿一项恐怖计划，势要带领“NEO海军”将新世界的海贼一举歼灭。他的行动引起海军本部的忌惮，而惨败的路飞等人也将向这个前所未有的敌人展开新的挑战……
　　本片为同名漫画改编的剧场版动画，原著作者尾田荣一郎担任制作总指挥，艾薇儿演唱主题歌《How You Remind Me》和《Bad Reputation》。

　　沙漠之国阿拉巴斯坦，虽然当地气候恶劣，但是国王寇布拉爱民如子，为了将国家建设成美丽的绿洲始终和百姓不懈努力。然而就在两年前，奇怪的现象离间了国王和百姓的关系。因为容易引起纷争，世界各国已严禁使用名为Dance Powder的降雨粉。但是阿拉巴斯坦曾大量购入Dance Power，在此之后，除国王所居住的阿鲁巴纳降雨正常外，该国其他区域全部为干旱所统治。一些民众认为寇布拉为己牟利，在克罗克塔尔的煽动下，反叛军揭竿而起，国家危在旦夕。
　　寇布拉的女儿微微公主逃离国家，与路飞等人结伴而行。他们偶然遇见了会变换各种容貌的孟德勒，从而得知克罗克塔尔的阴谋。海盗团扬帆起航，向阿拉巴斯坦进军，一场沙漠大冒险就此展开……

　　平静明媚的一天，大海上突然传来路飞（田中真弓 配音）撕心裂肺的哀号，原来在他睡觉的时候，他最最钟爱的那顶草帽竟然不翼而飞。了解到草帽的重要意义，草帽海贼团的伙伴们齐心协力帮他寻找。在这一过程中，乔巴等人还救助了一个奄奄一息的老海贼（山口智充 配音）。不久，众人发现一只奇怪的秃鹫叼着路飞的草帽在空中盘旋，于是众人从天上到海上展开了一场大追逐。与此同时，海军也集结了最强大的力量围捕草帽海贼团。为了一顶草帽，空前绝后的战争由此上演……
　　本片为漫画家尾田荣一郎原著《海贼王》第11部剧场版动画，首次采用3D制作，与3D版《美味猎人》同时公映。