地球聯邦政府與自護公國之間，發生了一場人類首次經歷的大規模宇宙戰爭。在戰爭的最後一年裡，人造機動武器-機動戰士正式投入到人類的戰事中。居住在宇宙植民區的一位少年嘉美尤S為反抗聯邦軍軍人而奪去新型的機動戰士 - 高達MK-II，並投身於反地球聯邦組織『奧干』的行列。被奪去高達MK-II的聯邦軍的精英分子，組織了『泰坦斯』，使用卑劣的手法，脅持了嘉美尤的父母作人質。最後，嘉美尤的父母就在他的面前慘遭毒手。站在嘉美尤旁邊的古華多羅Z納，竟就是以前自護公國的王牌馬沙，而他的夢想就是要令軍隊變得所向無敵。嘉美尤從失去父母的悲傷中重新振作，並為『奧干』作戰，他穿越了大氣層降落到地球上，並遇到一個神秘男子。原來這人就是馬沙以前的死對頭-傳奇人物亞寶?

　　宇宙世紀 0087 年、地球圏の戦乱は混迷を極めていた。連邦軍のエリート組織「ティターンズ」と反地球連邦組織「エゥーゴ」の内戦の最中、エゥーゴを指揮する立場となったクワトロ（シャア）、ティターンズを我が物にしようと目論む“木星帰りの男”シロッコ、そして「ザビ家」復興を掲げるジオン軍残党“アクシズ”の指導者ハマーン・カーン。三つの勢力の地球圏の覇権を賭けた、政略と軍略が絡み合い、戦局は、巨大レーザー砲へと改造されたスペースコロニー、グリプス２を巡る最終局面へと突き進んでいく。
　　戦場では、人々の愛情と憎しみが交錯する。エゥーゴを離れ、ティターンズのシロッコの下へ身を寄せる女レコア。シロッコを慕いながらも、エゥーゴのカミーユたちに惹かれる少女サラ。そんな人々の想いを受け止め、Ｚガンダムは、混迷の戦場を飛ぶ。
　　そして、ついにカミーユは知る。Ｚガンダムの持てる力で倒すべきは誰なのかを――。戦火の果てにカミーユを待ち受ける運命は !?