影片片名致敬了小说家吉野源三郎在1937年发表的同名著书，但电影故事完全由宫崎骏原创。讲述二战后丧母的少年牧真人与一只会说话的蓝鹭相遇，展开不可思议的冒险旅程。

　　晴朗时节，江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。
　　为了找出隐藏的对手，柯南和灰原哀（林原惠美 配音）、阿笠博士（绪方贤一 配音）、服部平次（堀川亮 配音）以及远山和叶（宫村优子 配音）通力合作，与间谍展开连番斗智斗勇的较量……

　　1800年前，中国流传着一种古老的拳法——北斗之拳。该拳法以人体内部穴道为打击对象，由内至外达到毁灭对手的目的。为了防止武功外泄，北斗之拳向来一子单传，只有真正的强者才可成为拳法的继承人。至琉泉一辈，他收养了三个养子，分别是拉奥、托奇和健四郎，北斗之拳终于迎来1800年来最强的时代。与此同时，地球上愚蠢的统治者发动无休止的战争，最终导致人类文明毁灭，世界堕落到暴力至上的时代。在乱世之中，三兄弟以不同的方式展开了波澜壮阔的人生……
　　本片根据原哲夫、武论尊的经典漫画原著《北斗神拳（北斗の拳）》，是《真救世主传说 北斗神拳》的第一部。

　　愚蠢的人类被贪婪所驱使，按下了那枚摧毁文明的按钮。浩劫过后，人类世界退回到暴力血腥的原始阶段，而在这混乱的世道中，拉奥所统领的拳王军所向披靡。当初，拉奥作为大师兄，曾和健四郎一同学习北斗神拳。这个有着1800年历史的暗杀拳法，始终奉行着唯一继承人的准则。拉奥虽然实力雄厚，却始终缺乏健四郎的悲悯之心。当后者成为北斗神拳的继承人化身为救世主时，拉奥转而走上更为黑暗的道路。当拳王军的铁蹄已经统治这个国家之时，南斗自由军揭竿而起，并邀请健四郎一同对抗他的宿敌——拳王拉奥……
　　本片根据原哲夫、武论尊的经典漫画原著《北斗神拳（北斗の拳）》，是《真救世主传说 北斗神拳》的第三部。

　　正是狂风暴雨时节，路飞、娜美、索隆等人登上一艘行将沉没的海盗船，并发现一个巨大的藏宝箱。众人费了九牛二虎之力，终于将箱子带回梅利号。结果发现，箱子里没有任何金银财宝，而是一个长相怪异且有些脱线的老太婆。老太婆唯恐路飞他们杀掉自己，于是许诺愿用金冠的秘密交换的生命。所谓金冠，传说是一顶价值连城的王冠，只有真正的海之王才能拥有。路飞相信了老太婆的话，于是扬帆朝目标之地挺进。
　　众人来至老太婆所住的机械岛，然而老太婆的儿子兰切特以为路飞等人是劫持了自己母亲的盗贼。他一面救回母亲，一面利用其研制的机械巨兵向梅利号展开攻击。寻找金冠的道路上危机重重……

　　沙漠之国阿拉巴斯坦，虽然当地气候恶劣，但是国王寇布拉爱民如子，为了将国家建设成美丽的绿洲始终和百姓不懈努力。然而就在两年前，奇怪的现象离间了国王和百姓的关系。因为容易引起纷争，世界各国已严禁使用名为Dance Powder的降雨粉。但是阿拉巴斯坦曾大量购入Dance Power，在此之后，除国王所居住的阿鲁巴纳降雨正常外，该国其他区域全部为干旱所统治。一些民众认为寇布拉为己牟利，在克罗克塔尔的煽动下，反叛军揭竿而起，国家危在旦夕。
　　寇布拉的女儿微微公主逃离国家，与路飞等人结伴而行。他们偶然遇见了会变换各种容貌的孟德勒，从而得知克罗克塔尔的阴谋。海盗团扬帆起航，向阿拉巴斯坦进军，一场沙漠大冒险就此展开……