自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除，世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大，为此政府组成了新组织4C，秘密驱除Amazon化的人类。
　　其中，幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是，变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优，他第一次没有产生“想吃”的想，并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后，作为Sigma型而复活的Amazon。

　　在某个城市中存在着不为人知的被称为Amazon的吞噬人类的异形的存在。它们的数量，竟达到4000只。制造出这个怪物的元凶正是野座间制药公司！命令名下的野座间Peston Service驱除班秘密处理“Amazon”。
　　就是在这种情况下，在清洁干净的房屋中一步也不出去的平稳生活着的青年水泽悠和只靠野生的直觉和战斗力的像野兽一样的活着的男人鹰山仁相识，慢慢懂得了在“Amazons”的激烈的生存斗争中生存下去的故事。

　　路飞（田中真弓 配音）和他的草帽海贼团在新世界展开全新的冒险，这一次他们来到了世界上最大的娱乐城——古兰·泰佐罗。这里云集了世界各地的富豪、海盗、海军，同时也是政府承认的独立国家和非武装地带，是世界政府不可轻易染指的“绝对圣域”。被称作“黄金帝”的吉尔德·泰佐罗（山路和弘 配音）是绝对圣域的至高领导，据说吃过金金果实的他拥有常人难以想象的神奇能力，此时有条不紊地实施着雄霸天下的计划。另一方面，原打算狠捞一笔的路飞一伙落入了吉尔德·泰佐罗的金钱陷阱，他们进而被卷入了裹挟着奉献给天龙人的“天上金”以及对抗政府的革命军的巨大漩涡之中。新的争斗在所难免……
　　本片是经典漫画作品《海贼王》第13部剧场版动画。