21世纪初，人类将多数人留在被哥斯拉蹂躏的地球上，仅使被选中的人们乘上恒星间移民船·阿拉特拉姆，前往能够移居的“约定之地·τ星e”。但这一计划失败，人类只得再度返回地球。而长距离亚空间航行所引发的时空歪曲，导致人类回到的地方变成了“两万年后的地球”。在这个地球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉袭击的同时，与埃克西弗、比尔沙尔德两种族的异星人共同实行谋划了20年的“对哥斯拉战术”，通过殊死战斗成功击倒了哥斯拉。
　　但喜悦并未持续多久，深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”现身了。两万年间持续成长生存、身高300米、质量超过10万吨，在进化成这种姿态的超巨大哥斯拉压倒性的破坏力面前，晴男等人落花流水。
　　拯救了晴男的是被视为人类的残存者“弗图亚”之民，米亚娜。弗图亚是他们在这个地球首次遇到的人型生命种族。他们会是人类的子孙吗——。“弗图亚的神也被哥斯拉击破，如今只剩下卵。挑战者、抗争者，全部被火焰吞噬而消失了”面对这样的他们，晴男回应道“这是以人类的双手夺回地球的最后机会了”。
　　另一方面，比尔沙尔德的指挥官·加尔格，注意到弗图亚使用的箭头是由“自律思考金属体·纳米金属”所制造而欢喜。这和21世纪他们在富士山麓作为“对哥斯拉决战兵器”所开发、在启动前遭到破坏的“机械哥斯拉”由同种物质所构成。这正是当时的开发设备至今仍然残存的证明——。

　　系列第三部 最终话 Netflix
　　大门开启，黄金的刻印切裂星球。
　　21世纪初，被哥斯拉夺走了地球的人类，将一部分人类送往其他恒星系移居，但这一计划以失败告终。失意地回到地球的人类，面对的是两万年后巨变的地球。
　　一切动植物都拥有哥斯拉细胞，化作“怪兽行星”的地球。君临于此的，是身高超过300m的史上最大哥斯拉“哥斯拉·地球”。
　　燃起讨伐哥斯拉执念的主人公晴男，与人类的子孙种族弗图亚相遇。晴男等人在弗图亚双子姐妹玛伊娜和米亚娜的引导下，发现仍在持续增殖的对哥斯拉决战兵器·机械哥斯拉的残骸。他们使用构成残骸的纳米金属，令武装要塞都市“机械哥斯拉都市”启动，向“哥斯拉·地球”发起挑战。
　　在这一作战的过程中，之前曾经一同共存的异星人种族之一比尔沙尔德与人类之间的裂痕逐渐表面化。与比尔沙尔德首领·加尔格的“若要打倒哥斯拉，就要成为超越‘人’的存在”这一信念相对，晴男无法放弃“不可为了打倒怪兽而使自己也变成怪兽，应该作为‘人’将其战胜”这一信念。终于，晴男舍弃了打倒“哥斯拉·地球”的唯一机会，将加尔格杀死。另一方面，晴男的青梅竹马优子也由于比尔沙尔德进行的人体强制纳米金属化，而陷入脑死状态。
　　败北感和虚无感在人类之间扩散。另一方的异星人，宗教种族埃克西弗的大司教·梅特菲斯，将晴男从战斗中存活下来之事主张为“奇迹”，并借此增加信徒。这是为了达成埃克西弗隐藏起来的“终极目的”。米亚娜和玛伊娜警戒着这样的埃克西弗。此外，晴男也自问自己身为“人”应该去做什么。
　　不久，在没人能打倒“哥斯拉·地球”的地球上，覆盖着金色闪光的“基多拉”降临，震天动地的超次元战斗开始了。
　　“哥斯拉”是什么？“人”应该去做的事情是什么？晴男眼中的未来又是——。
　　最终章中，一切都将明了。

　　世界的崩溃开始了。
　　暴走的大缅因猫兽吸收了黑暗进化的迪路兽、
　　用强大的力量进化成了秩序兽。
　　根据世界树的想法，现实世界将被数码世界所吞噬。
　　在绝望迫近的时候，被选中的孩子们拼命地向前。
　　现在太一不在了，能代替他带队的只有大 和。
　　「为了拯救世界，我们还有必须要做的事情！」
　　加布兽的话给大和带来了活力，而亚古兽则坚信太一定会回来。
　　另一方面，恒常性要处置失去控制的秩序兽、
　　并尝试施行干涉现实世界的最终计划。
　　为了阻止毁灭的到来，被选召的孩子们和他们的搭档拼命地战斗。
　　「所有的光芒，都汇聚在了缅因猫兽…」
　　绝望的迪路兽向大家说到。
　　孩子们做出最后决定的时候到了。
　　被选中的孩子们，自己将选择怎样的未来？
　　现在，冒险将再一次进化。

宇宙世纪0068年，居住在SIDE3的慕佐自治共和国议长发表完《完全独立宣言》后意外身亡，由此引发了连番的动乱，许多人的命运也就此发生根本转变。转眼来到宇宙世纪0074年，爱德华·玛斯（池田秀一配音）以夏亚·阿兹纳布的身份进入吉恩自治共和国国防军官学校学习。在那里，他与来自SIDE3的名门子弟格尔玛（柿原彻也饰）互相赏识，成为模拟好友。宇宙世纪0077年，学生们揭竿而起，发起了针对地球联邦军的武装起义。对夏亚来说，他的复仇也由此拉开序幕……