小行星撞击地球,主要大地受到名为「忍」(シノビ)的毒害,形成异形攻击人类,人们只能逃向以前是海底的「海陆」;拯救的方法唯有复活「机神将」(机神将(ギガロード))。约五百年后,亡国「伊势」的公主巫女雨、与拥有人间兵器「柳生」(ヤギュウ)之血的少年周防二人挺身而出……
小学校5年生の四葉こころは、ちょっと不器用だけどやさしい女の子。「モノにはみんなたましいがある」というおばあちゃんの教えを守り、モノを大切にしている。ある日、こころが大切にしている色エンピツからモノのかみさま・ここたまが生まれた!名前はラキたま。ここたまには人に見つかってはいけない決まりがあるが、ラキたまは生まれて早々こころに姿を見られてしまう…