第14回サイバーフォーミュラWGPX。その最終戦でハヤトの指示にアスラーダが異を唱えたのが発端となり、違うマシンに興味を抱いたハヤトは新シャーシの完成を待つこともなくガーランドで15回大会に挑む決意をする。
　　15回大会は開幕から大波乱を巻き起こした。新条を解雇し今日子を副社長に格下げしたアオイが、新オーナーに名雲京志郎を、新ドライバーにフィル・フリッツを起用。そして謎のニューマシン『アルザード』で超人的なタイムを叩き出したのだ。その速さに焦りを感じるライバルチームをよそに、次々と優勝をさらうアルザード。
　　誰も寄せ付けないその驚異のスペックに、ハヤトさえまともに勝負できず自暴自棄になる。しかしアメリカでストックカーをしていた新条の言葉に目を覚まされ、謙虚にアルザードに挑もうと決意した。

　　2016年、第１１回サイバーフォーミュラGPSが開催された。前年度チャンピオンのハヤトは、続々と投入されるライバルのニューマシンやチャンピオンであることのプレッシャーでなかなか調子が出せず荒れていたが、周囲の支えや持ち前の闘志で這い上がり、どうにか調子を取り戻す。
　　しかし菅生修ことシューマッハが突然アオイZIPから復帰し、サイバーフォーミュラで走るすべてのドライバーに挑戦状を叩きつけたことから事態は一変。明らかに敵としてシューマッハがハヤトの前に立ちはだかる。しかもかつて父と共にアスラーダを開発したマシンデザイナー、クレア・フォートランが心強い仲間として登場する一方で、存在意義を見失ったみきはチームから離脱。　不協和音がスゴウを覆うなか、ハヤトは二年連続の世界チャンピオン、ダブルワンの栄光を手にすることができるのだろうか。

　　由于童年的悲惨遭遇，直枝理树（堀江由衣 配音）的个性变得十分孤僻。长着一张娃娃脸，沉默寡言，没有朋友，这样的理树成为了大家眼里的怪胎。某一日，性格傲娇爱猫如命的枣铃（民安智惠 配音），正直开朗稳重可靠的枣恭介（绿川光 配音），四肢发达头脑简单的井之原真人（神奈延年 配音），成熟勇敢剑术一流的宫泽谦吾（织田优成 配音）四人出现在了绝望的理树面前。他们自称“Little Busters”，想要利用理树的力量来完成拯救世界的重任。                                    
                               　　就这样，理树成为了LB中的一份子，整日奔波解决一些说来宏大但其实十分平凡的委托。在相处的过程中，本来行为举止十分怪异的同伴们渐渐的变得可爱起来，理树也逐渐敞开了紧闭的心门，找回了久违的快乐。他开始明白，只要有一颗开朗向上的心，这样的生活一定能够继续下去直到永远。                         

　　相原琴子（水树奈奈 配音）是一个各方面都非常普通的女子高中生，刚刚升上高中的时候，她对在学校有着极高人气的校草级帅哥入江直树（平川大辅 配音）一见钟情，而如今已经是一名准毕业生的她和直树之间依然有着非常遥远的距离。难道这样的状况要一直持续到毕业吗？焦急的琴子不管不顾的递出了情书。没想到，直树连看没看就残酷的拒绝了琴子的表白。
　　失落的琴子回到家中，当晚发生了大地震，琴子的家在地震中毁于一旦。父亲重雄（岛田敏 配音）将琴子托付给了自己的好友，没想到这名好友居然就是直树的父亲！就这样，琴子和朝思暮想的直树开始了同居生活，而在朝夕相处中，直树是否会对琴子的印象有所改观呢？

　　寄宿大学生高桥美咲（樱井孝宏 配音）和大作家宇佐见秋彦（花田光 配音）延续着第一部，仍然继续着他们的恋爱故事。在秋彦的编辑相川小姐和丸川书店的老板的怂恿下，美咲答应参加秋彦的菊川赏得奖纪念酒会。在路途上，美咲意外邂逅了秋彦的哥哥春彦（鸟海浩辅 配音）。小兔老师和家人的关系都很恶劣，夹在中间的美咲左右为难。而难上加难的是，春彦展开了追求美咲的攻势，不是送花就是送草莓，让小兔老师的低气压降到最小值。小兔老师不仅提防着春彦，还得提防着美咲的同学角，但没想到角真正中意的是他自己。                                    
                               　　美咲和小兔的恋爱道路上挫折不断。而另外两对，上条弘树（伊藤健太郎 配音）和草间野分（神奈延年 配音）；高槻忍（岸尾大辅 配音）和宮城庸（井上和彦 配音）的感情之路也波折连连。但结局好一切都好。

　　幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。                                    
                               　　在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。                                    
                               　　这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。                                    
                               　　某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍，                                    
                               　　理树则开始了寻找成员的任务。                                    
                               　　在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。                                    
                               　　和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。                                    
                               　　经历了许多快乐的事情，                                    
                               　　同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。                                    
                               　　最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。                                    
                               　　——然而，这并不是结束。                                    
                               　　和来谷唯湖之间的故事。                                    
                               　　理树与铃的故事。                                    
                               　　以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。                                    
                               　　Little Busters真正的物语，自此开始——。                         

　　奥林匹克众神中不乏妄图统治天空、海洋、大地的野心之辈，在遥远的神话时代，冥王哈迪斯曾率领108冥斗士向人类世界发起攻击，智慧女神雅典娜则率圣斗士们奋起迎敌。连番苦战之后，哈迪斯及其军团战败，他们全部被雅典娜封印，而圣斗士也几乎损伤殆尽。
　　数千年后，圣斗士刚刚结束与海王波塞冬的苦战。遥远的东方，女神的封印失去效力，古塔中的冥斗士又重新蠢蠢欲动。哈迪斯将历次战争中死去的圣斗士复活，撒加、卡妙、米罗这些曾经风光无限的黄金圣斗士，如今披上黑光闪闪冥衣，向他们曾经守护过的圣域发起攻击……

　　曾经是顶级职业杀手的托雷（近藤隆 配音），因为心爱的女人水无月沙耶（丰口惠美 配音）之死金盆洗手。如今，他只是一个默默无闻的赏金猎手，但他“不详的黑猫”的名号在黑道中依然被口口相传。在搭档史恩（藤原启治 配音）和同伴兼对手林斯雷科（野上尤加奈 配音）的帮助下，托雷的隐退生活过得平淡而充实。一次行动中，托雷救下了生化人伊芙（福圆美里 配音），伊芙凭借超强战斗力和治疗能力成为了托雷的得力助手。
　　爱人的死让托雷明白，与其对仇恨念念不忘，认真平安的度过余生才是真确的选择。托雷不愿复仇，但敌人却不放过他。接连的几起事件使得托雷最大的敌人库利德（三木真一郎 配音）浮出水面，一群被称为使徒的敌人让朋友们的性命也受到了威胁。此时，托雷只得重新拿起武器，为了不再失去所爱的人而战斗。