一日，致力于研究化学X神秘物质的ユートニウム博士跟助手同时也是他儿子肯发现了一种新物质Z。这种物质发射出一道白光跟一道黑光，在东京城中放出。
　　这道白光打到了初中一年级生赤堤ももこ、豪徳寺みやこ、松原かおる这3个女孩身上，于是，3个飞天小女警诞生了！！
　　与此同时，那道黑光打到了东京动物园里。一座猴子山上的猴子变成了飞天小女警们的宿敌。小女警们将怎样保卫这座城市呢？……

　　若竹玛丽离开祖母，进入了海边的全寄宿制名门女校就读，在去学校的途中，她看到了一位伫立在鸽群中的少女。原来那位少女是入侵地球的舰队舰长——萩乃。而此时的萩乃已经是学校里人人憧憬的学校干部。
　　这两人的相遇是偶然还是必然？互相对抗却又互相吸引的两个人，他们的心渐渐重叠在一起……

　　公元1999年，面临人口,资源,环境各方面危机的人类社会终于为携手开创新时代而实现统一，成立地球联邦政府，并发表人类宇宙移民计划。之后为了保证地球圈的安定与和平，2009年，地球联邦军正式建立。2045年，第1号太空殖民卫星开始动工建造，之后陆续又建起许多殖民卫星，并根据宙域将其划分为SIDE1至SIDE7七个区域。当人类开始向最初的卫星移民时，人类历史便进入了宇宙世纪，纪元亦改为宇宙世纪(简称U.C)0001年，那一年地球总人口已突破90亿大关。U.C.0027年，第一座月面永久型都市“冯·布拉文”完工，此后至0040年为止，实现了总人口的40％(约50亿人)向宇宙的移民。0045年，小行星尤诺进入月球轨道并开始周期性稳定运行，后称为路纳Ⅱ(LUNAR2)。0050年，人类总人口已达110亿，其中90亿为宇宙移民。然而，地球联邦政府并未制定确保宇宙移民权利的有力政策，仍然以地球为中心，加上联邦内官僚主义风气日盛，使宇宙移民的不满情绪上涨…

　　「社長っ、何を…」「正隆だよ。順哉」。社長は名前で呼ぶことを請いながら、抗う手に荒縄をかけていく。「よく、見せてあげなさい」仕事中の口調そのままで指示を出し、本間部長は僕を軽く浮かせた。熱いモノを入り口に感じた途端、それは奥まで食い込んだ。「そら」。新美さんは僕の太腿に手をかけ、ぐいと左右に拡げた。獣たちはひとつに繋がっていた。

剧情紧接外传BattlefieldofPacifist（和平主义者的战场），地球与殖民地的战斗于殖民后196年结束。除五飞外，希罗等四位高达驾驶员决心把高达送往太阳丢弃，然而统一的地球圈再次被人类的欲望所吞噬，战乱再一次燃起。巴顿财团利用前OZ统帅托雷斯之女作傀儡领袖成立军队，以新建之殖民地X18999为基地，同时胁持担任地球外交官的莉莉娜作人质，企图实行第二次流星作战。希罗等人进入殖民地化解危机并把高达取回作战。OVA版(全3话)第一话-平静的轨道第二话-逝去的流星第三话-永远之回归

　　宇宙殖民地移民经过数百年的宇宙时代，争夺地球圈霸权的战争结束了，本以为和平的时代已经来临，然而却是快要面临着崩毁。
　　A.G.（Advanced Generation）101年
　　突如其来的不明敌人（UE=Unknown Enemy）攻击宇宙殖民地“天使”并使其崩毁，这死伤惨重的悲剧日后被称为“天使的日落”，之后UE对居住在地球圈的人们带来长期的危害。
　　A.G.108年
　　与UE的战斗持续着，原本和平的宇宙殖民地“奥凡”也遭到袭击，居住在此的7岁少年弗里特·明日野在战火中失去了母亲。不过，母亲在临终时，将家中代代相传的记忆单元“AGE装置”托付给他。其中包含着被称为救世主的古代MS“高达”的设计图，弗利特继承了母亲的意志，决心造出高达。
　　A.G.115年
　　14岁的弗利特被宇宙殖民地“诺拉”的联邦军基地阿林斯顿接收。七年间，和基地的工程师们持续着研究，终于完成了高达。这部搭载了“AGE系统”的高达，能够令机体自我进化。
　　然而，可怕的时刻终于来临……
　　UE的魔爪终于逼近和平的殖民地“诺拉”。
　　如今，弗利特开动自己制造的高达，挺身而战。
　　到底弗利特能战胜14年间都不能战胜的可怕敌人UE吗？
　　历经明日野家族3代人的“百年战争”由此展开……

　　四百年后的未来，一曾蔚蓝的地球黄沙遍野，自然环境极度恶劣。与之相伴，旧有的人类文明凋零殆尽，早先绝大多数幸存者迁往靠近地球的外太空，在名为迪瓦的设施中安顿下来。他们抛弃肉体，将自己的精神和灵魂投入迪瓦所构建的虚拟空间中，尽情享受没有丝毫痛苦的快乐。但是自称弗隆提亚·赛塔（神谷浩史 配音）的骇客让维护迪瓦网络安全的中央保安局坐立不安，为了彻底揪出这个神秘敌人，保安局派出三等官安吉拉•巴尔扎克（钉宫理惠 配音）回到地球调查。操纵先进机甲的安吉拉率先打败蜂拥而至的沙地巨虫，随后和前来接应的丁格（三木真一郎 配音）见面。两个性格全然不同的搭档一同上路，来到了弗隆提亚可能藏身的杰德小镇。
　　安吉拉在那里得知令人惊讶的事实，而她曾经所坚持的信念也开始动摇……

　　男孩卡克的父亲是一名童话小说家，善良率真的他因为一篇童话惹恼了邪恶的黑暗皇帝，黑暗皇帝绑架并且囚禁了他。为了救出父亲，卡克踏上了漫漫旅途。黑暗皇帝得知此事，派出了许多爪牙，意在阻挠卡克的行动。
　　一路上，一匹青色的小马布林克一直不离不弃的跟在卡克的身边，每当卡克遇到了困难举步维艰之时，布林克都会给予卡克勇气和力量。随着时间的推移，卡克离故乡越来越远，离充满了危险和黑暗的目的地越来越近。途中，卡克结识了许多志同道合的朋友们，众人披荆斩棘，携手前进，彼此之间结下了十分深厚的友谊。然而，最终，这些朋友们却一个接着一个的消失了，巨大的打击之下，卡特醒来了，原来这悲伤的一切，都只不过是卡特的一个梦罢了。

　　2100年,人类建立起了比较完善的社会系统,在此基础上,人类开始了向外宇宙进发的计划.正在这种扩张欲望开始无限膨胀时,没有人预料到一直隐藏在微观世界中的一种被称为RYNAX的物质出现了,这是一种希望拥有更广阔空间的物质,它一旦"溢"出,不把整个空间填满不会停止侵袭,而且它会将所有遇到的物质转化为原子,如果RYNAX"溢"出人类世界,后果将不堪设想
　　
　　天箕博士是一位量子物理学家,他和他的研究队伍在进行一次原子撞击试验时,突然有两束光芒从试验装置中射出,并且击中了来参观的天箕博士的女儿クラウ(12岁).女孩的身体被当场分解,而后又在光芒中重新恢复成人形.博士赶忙停止试验确认女儿的安危,但眼前的クラウ却说出了"我名叫RYNAX"
　　
　　故事会从试验事故10年后开始,博士的女儿クラウ凭借寄宿在体内的神奇力量成为了暗中维护社会治安的特别谍报员中的佼佼者,但22岁那天,クラウ的体内出现了一个被她自己称呼为"对"的女孩,还保持着クラウ12岁的形态.更有组织对クラウ的奇异功能发生兴趣,想方设法劫持她.
　　
　　故事设定本身涉及了很多微观世界的理论,估计意欲借微观世界中向往外部广阔世界的RYNAX映射出人类自身的问题.

　　上杉达也（三矢雄二 配音）和上杉和也（难波圭一 配音）是一对孪生兄弟，与住在隔壁的浅仓南（日高法子 配音）从小一起长大。三人都进入了明青学园就读。虽为双胞胎，但达也和和也的性格全然相反。和也是学校女生的偶像，棒球队的王牌；而达也则懒散，对什么都满不在乎。学校里，和也和小南是公认的完美的一对。达也也觉得二人的般配，只在心里默默的喜欢着小南。但小南则似乎总是有意无意的接近关心着达也。
　　和也率领着棒球队打到了进入甲子园的关键一战，在决赛的前晚，和也表达了对小南的爱意，但小南并未回应。第二天早晨，一切亦如往昔，但变化说来就来。在去集合的路上，因救小孩而出车祸的和也抢救无效，长眠在了夺取胜利的路上，也终止了带小南去甲子园的约定。在这个悲伤的夏天，达也决定拾起弟弟未完成的梦想，加入了棒球社。去往甲子园的路漫长而曲折，小南也璀璨如遥远的星，但一步步坚定的前进终将会迎来Touch到他们的一天。