柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。
　　柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题

　　大雄（小原乃梨子 配音）为了拥有跟小夫（肝付兼太 配音）一样的宠物机器狗，擅自从哆啦A梦（大山信代 配音）的空间袋订了很多机器人。没想到却将另一个星球的波克（桑岛法子 配音）也牵连进来。由于波克严重受损，只有把他带回去他原来的世界，才能得救。于是大雄一行人决定护送这个孩子回去，后来他们遇到了机器人医生查贝克博士（穂积隆信 配音）。原来这个机器王国本来是人类跟机器人和平共处的世界，但是在艾德姆国王因拯救机器人，而身亡后，继位的珍娜女王（新山千春 配音）由于打击过大，于是把机器人当做奴隶并把他们变成只听从人类的忠实道具来使唤。这主要也是因为珍娜女王听信邪恶司令官铁斯塔（森山周一郎 配音）的话，下令改造机器人。铁斯塔一开始就打算利用珍娜，目的是要夺取这个国家。在大雄等人的协助下，人类与机器人在机器王国能回到过去的和平吗……

　　强烈的台风登陆日本，风雨过后，大雄遇到了一个捣蛋的小家伙。通过未来机器的检测，发现这竟是拥有智慧的小型台风，大雄为它起了一个可爱的名字——小风。为了让小风自由玩耍，大雄、哆啦A梦和静香带着小风来到一片神奇的土地。他们在此认识了御风而行的天吉和小纯，得知自己来到了风的部落，小伙伴们与这里的人很快成为朋友。
　　但是，风之部落的和平正受到邪恶的威胁。无恶不作的岚族人揭开了族长乌岚达的封印，他的灵魂附在小夫的身上，率领其族人企图统治整个世界……

　　连续的破坏活动出现在东京湾附近。城南署的刑事久住及秦负责此案的调查工作。调查中，秦认识了担任大学讲师的冴子，并渐渐地对她产生了好感。之后，秦与久住在东京湾上的储备基地遭遇了将人类一个个吞噬的异型怪物，原以为这个怪物就是连续袭击事件的真正凶手，没想到怪物遗留于现场的肉块，却让整个事件产生了翻天覆地的大转变，事件的内幕波及到了警视厅、防卫厅及特车二课，甚至还发现了秦所不知道的冴子的另一面。光明下是令人惊愕的真相，黑暗中自卫队已经开始行动。正当秦不知所措之时，怪物再度出现于东京湾。为了结束这场悲痛的战役，机动警察部队挺身而出。