地球上的人类的安危被来自冥王星的巨大陨石Tanatos(希腊神话)所威胁着。为了对抗Tanatos，人类以国际太阳系开发机构“ISDA”为发足点，秘密进行着一向不为人知的开发计划“D计划”，计划内容为利用在小笠原近海发现的迷之生命体“龙”进行生态兵器的开发，然后利用“龙”去直接破坏Tanatos，正在这个计划正在推进的同时，因事故在2年前失去家人的孤独少年与搭救他的迷之少女命运般的相遇了……有关谜之生命体“龙”是拥有高智能以及超级攻击力的究极生命体。在小笠原冲深海发现的卵状态的“龙”被送往“ISDA”秘密的进行着培育..

　　美术大学学生竹本和学长真山以及多次留级的森田一起生活在单身公寓里，大家的生活风清云淡却也乐趣无穷。
　　他们的老师花本先生向三人介绍了自己表兄的女儿，阿久。外表幼小的阿久有着惊人的艺术表现力，竹本和森田都不觉得对她一见钟情。难以言表的爱情、友情在三人之间渐渐弥漫。
　　另一方面，真山爱上了花本老师的朋友理花小姐，而理花却深陷对逝世丈夫的怀念，难以自拔。和真山青梅竹马的山田，在坚强爽朗的个性下却常常因为对真山的单恋而独自落泪。
　　那个夏季，空气里弥漫着甜蜜也氤氲着苦涩，四叶草在风中摇曳，等待幸福的孩子们采摘。

　　美术大学五人组的故事仍在继续。竹本（神谷浩史 配音）结束了寻找自我的单车之旅，在盛放烟火的晚上对阿久（工藤晴香 配音）说出了那句“我喜欢你。”山田（高桥美佳子 配音）依旧陷在单恋真山（杉田智和 配音）的泥沼中，野宫（滨田贤二 配音）的出现成了泥沼里一株逃脱的稻草；真山则继续追寻着理花（大原沙耶香 配音），胜利的曙光在不远处；森田（上田佑司 配音）和阿久，两个天才的兮兮相惜，能否换来最后的相守。
　　时间在四季轮回中流逝，微小的变化一点点积攒成为不可忽视的转折点。五人都面临着新的人生，各奔东西。已逝去的奇迹般的岁月，并不会消失，而成为永久的回忆，在内心转动。改编自同名漫画的《蜂蜜与四叶草》故事也走向终点，但对于他们，这则是新的起点。

年幼的时候母亲因事故身亡的主角伊吹庆太，在某日夜晚遇到了名叫黑的流浪少女，她正是超越人类的存在——元神灵，神秘、残酷而壮烈的战斗从此展开……