森の民の少年ポポは、平和な森に異変が起きた原因を調べるため旅立った父ペレの帰りを待ちわびていた。しかし森の異変は、ポポの母ピアまで変えてしまう。父ならば、母を助ける手がかりが分かるかもしれない。ポポは父に託されたドングリ型のペンダント「守護者の証」を胸に、父を追って旅立つ。
　　旅の途中、ポポが持つ「守護者の証」を狙って、森の破滅を願うアダーと手下たちが、赤い目の甲虫を操りポポを襲撃するが、そのたびに何処からともなく巨大なカブトムシ「ムシキング」が現れポポを護るのだった。

小新在河边无意间捡到一颗弹珠，看它很闪亮于是就捡回家里。没想到却被小葵吞进肚子里。这下糟了，原来这颗弹珠是珠由良族与珠黄泉族在争夺的魔人贾克的珠珠，珠黄泉族的首领玉王想要利用贾克的魔力征服世界。就这样，小新一家人卷入两族人的争夺战中，小葵被玉王绑架走了，大家为了保护小葵，费尽心力…最后平安的救出小葵，小新却在无意间，将两颗珠珠放进封印贾克的人俑里，魔人贾克被释放出来了......

　　在天下失序、列强割据的战乱时代，僧人祥庵将一名孤儿从中国带到了日本。孤儿名叫仔太郎，他背负着一个惊人的秘密。与祥庵失散后，孤苦无依的仔太郎带着爱犬飞丸前往赤池之国的万觉寺，在途中遇见了神秘剑士“无名”。仔太郎遭到追杀，危急时刻无名救了他一命。从此两人结伴同行。性格乖僻的浪人和紧闭心扉的少年虽然磕磕碰碰不断，但渐渐成了好朋友。
　　白鸾率领的追杀组织还是抓住了仔太郎，他们开始着手筹备某种仪式。金发碧眼的剑士“罗狼”也是追杀组织中的一员，他虽然听命行事但并不真正在意组织的目的，对他来说，寻找可以与自己匹敌的对手才是生命的意义。罗狼与无名之间的生死对决拉开了帷幕……

　　曾经，泉田准一郎（木内秀信 配音）怀抱着成为推理小说中的名侦探的远大理想报考了警察学校，如今，已经33岁的他，依然只是警视厅里一介小小的警部补。令他怎么也想不到的是，上级的一纸公文，居然就奠定了他从今往后悲惨的生活。这天，他成为了号称“驱魔娘娘”的药师寺凉子（生天目仁美 配音）的部下，这位27岁就当上警视的红发美女，不仅是保全公司的千金大小姐，同时有着超高的智商，此外，凉子高傲的个性和古灵精怪的坏心眼也让同僚们闻风色变。
　　就这样，泉田的奴隶生活开始了，在忍气吞声的同时，他还要防备凉子最大的敌人室町由纪子（桑岛法子 配音）的骚扰。在凉子的身边，发生了一些自然科学无法解释的怪奇事件，凉子和泉田这对“主仆”，为了发掘事件的真相，奔波于城市的角角落落。

　　伴随着隆隆作响的电梯，一位老者来到了装修豪华的迷之钟点屋。在美丽女侍者的引导下，他来到吧台前，和先期到达的一名男子并肩而坐。银色头发的男服务员询问了二人来到这里的经过，随后向他们通报了重要的信息：青年和老者即将参加一场游戏，游戏的筹码则是各自身家性命。青年闻听顿时暴走，可是找遍建筑的每个角落也没有可以逃出的地方。而且如果拒绝参赛的话，将遭到无情的杀戮。正待青年迟疑之际，老者则抢先按下统一参赛的按钮。经过选择，他们二人的比赛形式定为“死亡台球”。
　　自诩球技尚可的青年，及至交手才发现眼前貌不惊人的老人球技竟如此高超，他们的生命面临最严峻的考验……

　　SIDE6沉浸在一片安宜祥和的气氛中，这里远离战场，几乎从未发生过什么战事，驻守在这儿的联邦军的部队也并不多，这一点，并不使少年阿鲁高兴，因为他是一个军事迷，渴望看一下激烈的战斗场面。一日阿鲁正与朋友们交流时，殖民地内发生了骚动，这是由吉恩的小股侦察部队与联邦发生的冲突所引致，不久，一架受了伤的扎克（改），掠过阿鲁的上空，坠落在离他不远的林间草坪上。
　　被击落的吉恩新兵巴尼，用自己的军衔章换取了阿鲁的摄影机磁卡，这里面记录有阿鲁从联邦的工厂里到的MS组装画面。此外，还有几日前从地球搬来的阿鲁家的邻居红发女郎克丽丝的倩影。巴尼获取的情报，引起了吉恩军的注意，他们立即组建了一支突击小队，执行破坏高达的任务。于是，巴尼所在的小队，依靠一场小规模的战斗的混乱，再度潜入SIDE6。在宇宙殖民地中，巴尼又一次与阿鲁相遇。
　　理想成为MS驾驶员的少年阿鲁，自愿为吉恩突击小队侦察联邦军的秘密基地的位置，并与监视他的青年巴尼成为了好友。一日，巴尼在阿鲁的窗下与克丽丝邂逅，这为巴尼的监视任务带来一分情趣。同时，在突击小队的秘密仓库中，对高达用新型MS--坎普玛正在组装中，计划在圣诞节前，完成破坏阿历克斯的任务。一切准备工作完成后，破坏高达作战展开，由吉恩老兵驾驶的坎普玛，将驻守的联邦部队打得落花流水，并与突击小队配合，很快到达了停放阿历克斯的秘密工厂，阿历克斯NT-1仓促应战，并以性能的优势将坎普玛击败。至此，吉恩突击小队作战失败，小队除巴尼以外全员战死。
　　吉恩突击小队作战失败后，小队唯一幸存者巴尼接到了立即撤离SIDE6的指示。因为吉恩军没有机会再组织力量破坏高达，于是他们打算圣诞夜之前，用核弹摧毁整个宇宙殖民地。巴尼得知消息后，要求阿鲁立即通知家人与克丽丝尽早离开殖民地，但遭到阿鲁的反对。阿鲁希望自己心中的优秀驾驶员巴尼，能击溃阿历克斯挽救殖民地的命运，于是巴尼只得一个独自离开。
　　警方无法相信阿鲁的报警，置之不理。同时，吉恩军搭载核弹头的攻击舰已驶离母舰。阿鲁面对朋友与家人几欲绝望，此刻在机场，巴尼正犹豫不决，最终，他下定决心，为了阿鲁与心爱的克丽丝，以及殖民地的人们，向阿历克斯发出最后的挑战。在阿鲁的协助下，他修复了初次袭击SIDE6时被击落的扎克，用唯一的武器--能量斧对NT-1发起了攻击。与此同时，阿鲁从父亲的口中得知了吉恩军将于数日后签定终战协议，他飞奔着跑向巴尼战斗的地方，但在他面前支离破碎的NT-1的光束剑，已刺穿了扎克的座舱。而救护人员从NT-1的座舱中抢救出的联邦驾驶员那一头秀丽的红发，更使阿鲁呆然……

　　男孩卡克的父亲是一名童话小说家，善良率真的他因为一篇童话惹恼了邪恶的黑暗皇帝，黑暗皇帝绑架并且囚禁了他。为了救出父亲，卡克踏上了漫漫旅途。黑暗皇帝得知此事，派出了许多爪牙，意在阻挠卡克的行动。
　　一路上，一匹青色的小马布林克一直不离不弃的跟在卡克的身边，每当卡克遇到了困难举步维艰之时，布林克都会给予卡克勇气和力量。随着时间的推移，卡克离故乡越来越远，离充满了危险和黑暗的目的地越来越近。途中，卡克结识了许多志同道合的朋友们，众人披荆斩棘，携手前进，彼此之间结下了十分深厚的友谊。然而，最终，这些朋友们却一个接着一个的消失了，巨大的打击之下，卡特醒来了，原来这悲伤的一切，都只不过是卡特的一个梦罢了。

　　故事讲述西元2060年的地球，人口爆炸，造成严重的社会问题，为了抑制入人口，凡是生育超过一个小孩的人都必须处死。岂料有一个超级花花公子竟然让100个女人怀孕，导致生下100个具有相同好色基因（DNA）的小孩散布在世界各地。为了解决这个可怕的问题，未来政府派遣一位少女特使－－加林，穿越时空来到90 年代，试图找出这个16岁的高中嫌犯：超级花花公子……

　　某天，小新（矢島晶子 配音）闲逛的时候捡到一个动感超人的面具，戴上面具后，小新发现自己竟然能和动感超人通话。他被任命为代表正义的动感间谍，专门与邪恶势力作战，并且见到了他的搭档——7岁女孩苏诺萌·柠檬（愛河里花子 配音）。在柠檬的带领下，小新开始作为动感间谍的艰苦训练。在这一过程中，面向凶恶的怪大叔不断偷袭小新，而在这一系列事件背后，似乎又隐藏着两个神秘的国家——无声屁共和国与不放屁王国。看似善良的柠檬也变得正邪难辨。不久，小新更和柠檬闯入了困难重重的不放屁王国……
　　本片根据臼井義人的同名原著改编，是《蜡笔小新》系列第19部剧场版。