某一晚，野原一家同时梦见了古装剧里才会出现的”古代美女”，虽然全家人都觉得很不可思议，却也没有深入追究。当天下午小新从幼儿园回来时，看到小白正在庭院里拼命挖洞，而当小新也跟着开始挖掘后，竟然挖出了一个箱子，里面放有小新亲笔写的书函，除了写有天正2年的字眼外，还画有肥嘟嘟左卫门的图案。小新由于摸不着头绪而闭上眼睛思考，却在睁开眼时发现自己已经身处在一个战国时代，并阴错阳差救了武士，更因此得以见到了梦中的那位美女”阿廉公主…

　　
　　4月2日，全新的游戏王动画始动！讲述18岁新主角集齐6（原五张）龙卡的全新故事！　 　　武藤游戏的时代数十年后的童实野町，演变成了阶级社会的未来都市——新童实野市。主人公不动游星驾驶着决斗盘的进化型D轮摩托以从下层区到上层区为目标奔驰。　 　　以夺走对自己和朋友很重要的卡星尘龙的为所欲为的竞敌·骑乘决斗的冠军人物杰克·阿特拉斯所在的决斗竞技场为目标，终于游星和杰克对峙了。怀着各自的坚定信念的他俩的王牌怪兽——星尘龙与真红魔龙展开激烈冲突！在二龙之战中忽然出现的神秘红龙，让游星的手臂浮现出了龙之印。由龙之印所引导的各自的命运在这一刻开始了。到底为朋友而战的游星前面等待着他的会是什么？龙之印所带来的到底又是什么呢？ 　　时代是游戏王GX后的几十年。 　　决斗盘进化！骑乘决斗大为流行！ 　　在5D'S的时代，结合了摩托竞速与卡片游戏的竞技骑乘决斗，以骑乘型最新决斗盘D轮进行的高速感决斗十分流行，让观众也跟着狂热起来！新怪兽陆续登场！新动画当然也是充满各种决斗场面！ 　　从没见过的怪兽们正极度活跃之中。 　　游戏王5D’S的卡片也有所不同了： 　　新规则中白色同调怪兽卡追加！ 　　这次的新规则中添加了一种名为同调怪兽的白色卡片，能力：放在额外卡组，如果场上的对应协调怪兽和其他怪兽的等级合计与同步怪兽的等级吻合可以特殊召唤。
　　卫星区篇
　　以武藤游戏所在时代数十年后的童实野市为舞台。那时的童实野市被称为“新童实野市”，是一个根据身份高低分为上层地带和下层地带的阶级社会，流行着使用被称为“D轮（D Wheel）”的摩托车型决斗盘决斗的“骑乘决斗（Riding Duel）”。　不动游星在新童实野市的下层地带“卫星区（Satellite）”中与同伴们一起生活着。因被对手——骑乘决斗的KING“杰克·亚特拉斯”偷走了自己最重要的卡“星尘龙（Stardust Dragon）”，为了把它夺回，游星逃出了卫星区。
　　Duel of Fortune Cup篇
　　再会后的游星与杰克在Stadium进行了骑乘决斗。在白热化的战斗展开途中，两人的手臂突然出现了印记，最后伴随着双方的王牌龙互相攻击，神秘的红龙出现了。得知此事的治安维持局长官雷克斯，将游星的同伴捉走作为人质，强迫他参加优胜者可以获得向KING杰克的挑战权的“Duel of Fortune Cup”大赛。在这个大赛里被雷克斯吸引过来的游星、超能力决斗者十六夜亚纪、天才决斗少女龙可、还有杰克4人、都觉醒为“红龙的龙印者”，最后获得优胜的游星在与杰克的决斗中获得了胜利，成为了新的决斗王。
　　暗印者篇
　　原来Fortune Cup是歌得温为了集合龙印者所举办。另一方面，一群名为“暗印者”的决斗者已经蠢蠢欲动，他们能够展开会令决斗者受到真实伤害的“黑暗决斗”，以及使用一种叫“黑暗同步”的新战法，以及在背后控制他们的“地缚神”。游星以建造连接卫星区和都市区的代达罗斯桥为条件，前往卫星区阻止“暗印者”的计划。
　　WRGP篇
　　与“暗印者”之战半年后，连接卫星区和都市区的桥梁终于完成，彼此的界线总算消失。全市还建造了大量专为骑乘决斗而设的高速公路，还开发了高速世界2取代以前的高速世界，世界大赛“WRGP”开幕在即，游星等人组成“5D'S队“参赛。然而，新的威胁已经悄悄地来临——神秘组织“太一”的三皇帝出现，使用可以吸收同步怪兽的“机皇帝”欲图毁灭童实野市，市区上空不时浮现不祥的黑影。双方在大赛决战相遇，这场战斗的胜负将决定童实野市的存亡。
　　弧线摇篮篇
　　虽然阿波利亚被打败，带来毁灭的黑影正体”弧线摇篮“还是出现了，童实野市危在旦夕。而主使这一切的”Z-ONE（忘-我）“也终于浮出水面，来自被破灭未来的他要毁灭灾祸的肇源童实野市改变未来。游星等人不能认同他的做法，登上”弧线摇篮“与”Z-ONE“展开最后的决战。最终，Z-ONE被游星击败，弧线摇篮消失，游星拯救了童实野市，平安归来。
　　后日谈
　　Z-ONE被打败数年后游星等人的故事。
　　副注
　　现在看到的故事剧情是在Z-ONE介入改变历史后的情况。原本的历史到暗印者就是最终BOSS，没有WRGP存在。之后游星与同伴参加各种国际大赛，在不断的磨炼中领悟“CLEAR MIND”、加速同步、三角加速同步，成为将人类领向进化新时代的传奇人物。但在未来人类因为过快进化滥用同步而恶欲膨涨，招来毁灭。Z-ONE为改变介入了过去改变了历史，故事才有了现在的情况。

　　这是一个外星人和地球人混居的时代，在外星移民的压迫和统治下，流传百年的武士道精神已然没落，然而，在一片倾颓之势面前，依然有一群人默默的遵守着他们的准则和正义。家道中落的青年志村新八（菅田将晖 饰）在一场意外中结识了万事屋老板坂田银时（小栗旬 饰）和天人少女神乐（桥本环奈 饰），三人成为好友。他们共同的朋友桂小太郎（冈田将生 饰）无故失踪，经过调查，一个名叫冈田似藏（新井浩文 饰）的男人和一把名为“红缨”的妖刀浮出水面。
　　冈田似藏是曾经的攘夷志士高杉晋助（堂本刚 饰）的手下，高杉恨透了这个堕落的世界，一直都企图将它破坏殆尽。随着红缨的力量越来越强大，整个大江户被笼罩在越来越浓重的阴云之下。

　　革命历228年，E.U.联盟联军少校蕾拉·玛露卡尔（坂本真绫 配音）和中尉阿基德（入野自由 配音）在巴黎期间化险为夷，将企图绑架吉恩·史麦拉斯将军（石冢运升 配音）的11区日本少年成濑幸也（松冈祯丞 配音）、佐山流（日野聪 配音）和香坂彩乃（日笠阳子 配音）招募到W Zero部队。在另一边的帝国内，信·修加·夏音度（松风雅也 配音）成功篡位，被封为圣米迦勒骑士团的团长，即将迎来和阿基德的宿命重逢。E.U.联盟对成濑等人充满不信任感，时刻密切监视着他们。不久，联盟决意将W Zero部队空投至帝国的腹地华沙执行死亡任务。蕾拉坚持和阿基德以及新加入的三个战士同往，等待他们的是圣米迦勒骑士团的强敌……

　　E.U.联盟和布里塔利亚帝国的战争仍未迎来终结的时刻，而此时双方内部则悄然发生这足以引起严重连锁反应的巨变。张扬跋扈、不可一世的朱利叶斯•金斯利（福山润 配音）在枢木朱雀（樱井孝宏 配音）的陪同下取得了前线指挥权，凌驾于布列塔尼亚帝国所有权贵重臣之上。在纷纷扰扰的权力斗争中，圣米迦勒骑士团的团长信•修加•夏音度（松风雅也 配音）躲在暗处，相机而动。对手一方，名为“方舟船队”的革命组织扬言发动恐怖袭击，从而在E.U.控制下的巴黎引发暴乱，军方的反对派势力则趁机蠢蠢欲动。此前空降到华沙的阿基德（入野自由 配音）和蕾拉•玛露卡尔（坂本真绫 配音）等人因种种原因流落街头，他们遇到了一群奇怪的老太太，从而过上了几天难得的轻松生活，彼此间似乎也多了些心灵上的交流。
　　这是风暴前夕最后的平静时刻……

　　革命历228年，冬。从属于E.U.联盟联军的W Zero部队中尉阿基德（入野自由 配音）迎来了与哥哥——布里塔利亚帝国圣米迦勒骑士团的团长信•修加•夏音度（松风雅也 配音）的决斗。成濑幸也（松冈祯丞 配音）制造的炸弹虽然摧毁了帝国1/3的战斗力，但是他们仍然面对着为数众多的对手。敌我差距悬殊，获胜希望渺茫。关键时刻，骑士团下的阿修罗队队长阿修雷・阿修罗（寺岛拓笃 配音）临阵倒戈，加入阿基德他们一方。决战前夕，阿基德剪下自己的一撮头发，交到蕾拉•玛露卡尔（坂本真绫 配音）的手中。
　　历经战火的洗礼，他们之间的关系悄然发生着改变。希望还是绝望，前路迷茫……

　　故事发生在数百年后的公元25世纪，那时，人类的居所早已不在仅限于地球，越来越多的空间跳跃门连接着各式各样的行星。在科技和运输正在高速发展的同时，以经济贸易为幌子的罪恶行径也在滋生，因此而引发的行星之间的战争从未间断。因此，一个维护宇宙秩序的组织“宇宙行星联合会”成立了。 在联合会中，有一个秘密的小分队，人们称之为ES member，队员们在身怀绝技的同时，也有着过人的智商和勇气。
　　性格开朗的艾克蕾尔（永田亮子 配音）就是秘密小队中的一员，她以其卓越的力量和速度成为了小队中的中坚分子。作为艾克蕾尔的搭档，琉米爱尔（平野绫 配音）虽然有着娇小的体型，但她特有的能力是其他人所无法替代的。站在她们敌对方的，是那些在宇宙中臭名昭著的诈骗犯和恐怖分子，这两个柔弱的女孩能够顺利完成她们的任务吗？

　　從人類的足跡踏出太陽系，開始在地球以外的行星殖民之後，宇宙間慢慢出現了許多獨立的行星國家。為了維持基本秩序，並避免星際間的摩擦惡化成宇宙戰爭，各獨立行星政府達成協議，成立了類似於聯合國的組織－「宇宙行星聯合」，以保障全人類的安全、自由與和平。當各星系在「宇宙行星聯合」有效的維持之下逐漸繁榮，隨著而來的就是日趨明顯的經濟交流。為維持經濟公平原則以確保各方面利益，宇宙行星聯合特別設立了GOTT （Galactic Organization of Trade and Tariffs銀河商業關稅機構），作為監督各行星國家間關稅與貿易交流，並查緝相關不法行為的執行機構。而GOTT中擁有各種特殊能力、兩人一組負責在最前線執法的特警，就稱為ES MEMBER。 星歷328年 （西元二十五世紀），人類建立第一個殖民行星三百多年後，正是ES member大活躍的時代。Kiddy Grade中的兩位女主角－性格開朗直腸子的艾克蕾爾，與外表青澀但成熟冷靜的琉美艾爾，正是GOTT中神秘的ES member特警之一。從她們嬌柔的外貌，完全無法想像艾克蕾爾是破壞力與速度超絕的怪力少女，而琉美艾爾則是身負能與超級電腦匹敵的情報處理能力、還能從指尖放出光線操作各式電子設備的活電腦。當他們接到任務出動之後，故事就在觀眾的面前拉開了序幕...

恶梦没有结束，绝望诱使毁灭，灾厄招来祸端——与“破坏者”扎格纳特塔塔开中，贝尔和琉坠入深渊。到达之处是所有冒险者都畏惧的迷宫深处——深层。两人伤痕累累，孤立无援，灾厄的威胁就在眼前。迷宫决死之行中，被五年前的悔恨折磨的琉回忆起来往昔的伙伴。另一边，贝尔消失的队伍前出现了双头龙——阿非斯·贝那。破坏的化身能喷射出毁灭一切的炎流。在失去希望和光明的迷宫中，冒险者们迎来的是终结还是……这是少年和妖精在死境中求生，充满残酷的“眷族故事”。

　　知名製藥公司-泰達羅斯（Daidalos）的總部發生了一場爆炸案，一個少年被困在崩落的鋼架中無法脫身，生命危在旦夕。此時，在以不追究無照醫療行為的條件下，黑傑克進行了一場任誰都無法想像的「外科手術」…
　　同一災難引發了另一場悲劇：一位母親身受重傷而全身癱瘓，為了不拖累子女，她找來有「死神化身」之稱的奇利柯醫生以求安樂死。另一方面，他的孩子為了救母親，日以繼夜打工存錢，希望黑傑克為母親動手術。看著他們的身影，黑傑克不自覺想起自身的遭遇…
　　兩位醫師，一位要致死，一位要救命，就在秘密之島「伊卡洛斯島」上，黑傑克與奇利柯將展開一場生死攸關的衝擊性對決。爆炸事件的內幕為何？系列史上的最大危機，正一步步向這位天才外科醫生逼近！