正在进行修业之旅的小智(松本梨香 配音)、小刚(うえだゆうじ 配音)、小遥(KAORI 配音)和小正(山田ふしぎ 配音),在前往下一个城镇的路上迷失方向。口渴难耐的他们在荒野中偶遇巡回表演的美丽少女洋美(眞鍋かをり 配音)及其所在的玛丽娜剧团,于是随着她们展开愉快的旅行。洋美是水之民的后代,她们此行的目的是将曾被海盗凡顿•绰普(藤岡弘 配音)夺去的苍海王子的蛋送回海之神殿,神殿内则藏着水之民的珍宝海之王冠。邪恶贪婪的凡顿岂能甘心失败,他将与洋美、小精灵护林员杰克(山寺宏一 配音)以及小智一行展开激烈的正邪争夺战……
本片为神奇宝贝系列第九部电影剧场版。
小智(松本梨香 配音)一行人继续着磨练技艺的旅途,他们来到了欧鲁德朗城,这里正在举行为了纪念百年前阻止了战争的勇者亚朗而设置的对战祭典。小智带着皮卡丘(大谷育江 配音)勇敢参战,并且最终凭借着强大的实力夺得了头筹,获得了珍贵的宝物“勇者之杖”。
然而,让小智没有想到的是 ,传说中的神奇宝贝路卡利欧竟然从杖中现身,它的重现江湖揭开了一个隐藏了百年的秘密。与此同时,神秘莫测的神奇宝贝梦幻现身会场,掳走了皮卡丘和喵喵。为了找回皮卡丘,小智和贝路卡利欧踏上了旅途,他们的终点是世界初始之树,在那里隐藏着一切问题的答案。