马上就要升为初中二年级的未来，在春假的夜晚发现天空中有神秘的物体掉到了附近的公园。”会不会是魔法师呢？“满心期待的未来，第二天一边欢欣雀跃，一边带着心爱的小熊去了公园。她发现骑着扫把浮在空中，自称里子的女孩，是个魔法师！里子声称是为了找寻物品而来到未来的世界的。而面对突然出现的邪恶魔法师，二人的挂件发出光芒，变身为传说中的光之美少女！

　　半年前的一连串遭遇，彻底改变了三年级小学生高町奈叶（田村由香里 配音）的人生，她以魔法少女的身份邂逅了可爱的小伙伴尤诺·斯克莱亚（水桥香织 饰），并通过连番激战与深锁着无数秘密和烦恼的菲特·泰斯特罗莎（水树奈奈 配音）成为莫逆好友。新学期开始，菲特以小学生的身份转入奈叶的班级，一切看似进入了平稳期。克就在某个毫无征兆的夜晚，奈叶和菲特遭到手持暗之书的维塔（真田麻美 配音）等三名违法渡行者的袭击，她们的魔导器也被破坏。
　　新的危机，新的对手，一切朝着不可预知的方向发展……