21世纪初，人类将多数人留在被哥斯拉蹂躏的地球上，仅使被选中的人们乘上恒星间移民船·阿拉特拉姆，前往能够移居的“约定之地·τ星e”。但这一计划失败，人类只得再度返回地球。而长距离亚空间航行所引发的时空歪曲，导致人类回到的地方变成了“两万年后的地球”。在这个地球，主人公·晴男等人在遭受哥斯拉袭击的同时，与埃克西弗、比尔沙尔德两种族的异星人共同实行谋划了20年的“对哥斯拉战术”，通过殊死战斗成功击倒了哥斯拉。
　　但喜悦并未持续多久，深藏地下的真正哥斯拉“哥斯拉·地球”现身了。两万年间持续成长生存、身高300米、质量超过10万吨，在进化成这种姿态的超巨大哥斯拉压倒性的破坏力面前，晴男等人落花流水。
　　拯救了晴男的是被视为人类的残存者“弗图亚”之民，米亚娜。弗图亚是他们在这个地球首次遇到的人型生命种族。他们会是人类的子孙吗——。“弗图亚的神也被哥斯拉击破，如今只剩下卵。挑战者、抗争者，全部被火焰吞噬而消失了”面对这样的他们，晴男回应道“这是以人类的双手夺回地球的最后机会了”。
　　另一方面，比尔沙尔德的指挥官·加尔格，注意到弗图亚使用的箭头是由“自律思考金属体·纳米金属”所制造而欢喜。这和21世纪他们在富士山麓作为“对哥斯拉决战兵器”所开发、在启动前遭到破坏的“机械哥斯拉”由同种物质所构成。这正是当时的开发设备至今仍然残存的证明——。

　　黑子哲也 及 火神大我 加入了诚凛高中篮球队。相对于有着绝佳球感的火神，黑子却是一名在场上“几乎没有存在感”的球员。但其实，黑子曾是篮球强校帝光国中篮球队的一员，曾与被称为“奇迹时代”的5位天才并肩战斗，以“梦幻的第6人”的称号活跃在篮球场上。“影”与“光”的二人搭档成为校队主力，带领诚凛高中成功打进了冬季选拔赛，并在选拔赛中击败其他拥有“奇迹时代”成员的各路强队，获得了全国冠军。 就在二人升上高二后的那个暑假末尾，由一批18岁左右的美国篮球天才组成的街球队伍“Jabberwock”来访日本，并与日本男篮国家队进行友谊赛。他们以压倒性的实力让日本队惨败，还嘲笑了他们一番。 此举激怒了诚凛高中篮球队教练丽子的父亲景虎。这位曾经的日本篮球国手决定集结黑子与火神，以及“奇迹时代”的其他成员，临时组建梦幻球队“VORPAL SWORDS”，誓言向“Jabberwock”复仇！ 一场最激烈的决战，就此打响!