连续的破坏活动出现在东京湾附近。城南署的刑事久住及秦负责此案的调查工作。调查中，秦认识了担任大学讲师的冴子，并渐渐地对她产生了好感。之后，秦与久住在东京湾上的储备基地遭遇了将人类一个个吞噬的异型怪物，原以为这个怪物就是连续袭击事件的真正凶手，没想到怪物遗留于现场的肉块，却让整个事件产生了翻天覆地的大转变，事件的内幕波及到了警视厅、防卫厅及特车二课，甚至还发现了秦所不知道的冴子的另一面。光明下是令人惊愕的真相，黑暗中自卫队已经开始行动。正当秦不知所措之时，怪物再度出现于东京湾。为了结束这场悲痛的战役，机动警察部队挺身而出。

　　描写的是从宇宙历七九五年、帝国历四八六年十月的第三次迪亚马特会战到宇宙历七九六年、帝国历四八七年二月的亚斯提会战之间的情节。帝国军的年轻上将莱因哈特和同盟军的不败英雄杨威利在片中初次显示了他们的实力。它的配乐采用了交响乐来衬托其气势，舰队对战时声势甚为浩大。                                    
                               　　片中还穿插了杨、拉普和洁西卡的三角关系。除此以外，基本上是正传的1、2集的重复与补充。