弓削斋宫（小野友树 配音）是一个各方面都十分平凡的男子高中生，虽然嘴巴很毒，但内心里其实充满了正义感。一次偶然之中，他穿越来到了名为古兰巴尼亚的异世界之中，在这里，人类遭到了污秽的侵蚀，想要净化污秽，只有依靠十二星座的巫女。当然，只有巫女还不够，真正能够驱逐污秽的，其实是“稀人”和巫女们所生下的孩子“星之子”，而弓削斋宫恰好就是稀人。                                    
                               　　成熟稳重拥有读心术的露卡（大本真基子 配音）、有着不为人知的一面的亚莉（远藤绫 配音）、任性而又自负的千金大小姐菲米露娜（藤田咲 配音），在这些巫女们的围绕下，弓削斋宫会做出怎样的选择呢？

　　故事以只有女性能使用的世界最強兵器「Infinite Stratos（IS）」為中心，在女尊男卑的世界中，主角「織斑一夏」雖然身為男生卻能夠操縱 IS，為此他被強制進入培育 IS 操縱者的學校「IS 學園」，周圍理所當然也都是女性，而女生們也對這位「世上唯一能夠使用 IS 的男性」感到興趣，就此展開了許多趣味橫生的學校生活。

自从日本开发出只有女性才能操纵的飞行超兵器"IS",即"斯特拉托斯"之后,世界发生了翻天覆地的变化,女性的地位被提升到优先准位。 培育IS操纵者的学校"IS学院"每年接纳来自世界各地的优秀候补生少女。然而,主人公织斑一夏虽然是个男生却不知因为什么原因能够启动IS,因此他被强制送入了IS学 院就读。织斑一夏从此成为女校中的万红丛中一点绿,从他青梅竹马的剑道少女帚开始,不同国籍不同性格的少女们围绕着织斑一夏开始了一场波澜壮阔恋爱战斗剧场。 突然侵袭的敌人,IS隐藏的秘密,以及织斑一夏和少女们的恋爱故事究竟将如何发展呢?

故事以只有女性能使用的世界最強兵器「Infinite Stratos（IS）」為中心，在女尊男卑的世界中，主角「織斑一夏」雖然身為男生卻能夠操縱 IS，為此他被強制進入培育 IS 操縱者的學校「IS 學園」，周圍理所當然也都是女性，而女生們也對這位「世上唯一能夠使用 IS 的男性」感到興趣，就此展開了許多趣味橫生的學校生活。