成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

　　成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

　　在每一个角落都被探索完毕的世界中，唯一残留的秘境——大洞穴“阿比斯”。
　　不知道延续到何方，深不见底的巨大纵向洞穴，
　　栖息着奇妙奇怪的生物们，
　　沉眠着现在的人类无法制造的贵重遗物。
　　“阿比斯”那充满了不可思议的姿态吸引了人们，并驱使人们展开冒险。
　　如此，多次挑战大洞穴的冒险者们，
　　陆续得到了“探窟家”的名号。
　　住在建造于阿比斯边缘的城镇“奥斯”的孤儿莉可，
　　梦想着有朝一日成为母亲那样伟大的探窟家，并解开阿比斯的谜团。
　　某天，以母亲莱萨的白笛被发现为契机，
　　莉可决定潜入阿比斯深处。
　　被莉可捡到的丧失记忆的机器人雷格，
　　也为了寻找自己的记忆而决定同行。
　　莉可在深界四层中了穿弹兽的毒。
　　救了莉可的，是“生骸”娜娜奇。
　　娜娜奇也成为两人的同伴，三人的冒险向着波多尔多所在的深界五层进发。
　　在那里，他们遇到了一位自称为普鲁修卡的女孩子……

　　那六胞胎在完全新作剧场版中回来了！
　　已经超过二十岁却还是废柴尼特处男的松野家六兄弟。
　　某天在高中同学会中重逢的同学们，
　　都已经以社会人的身份生活，成为了正经的大人。
　　自己那无可辩驳的寒碜现状暴露无疑，
　　六胞胎就这样默默走上归途。
　　完全失去归所而酩酊大醉，阿松们就这样陷入沉睡。
　　第二天早晨，醒来的他们眼前出现的景象是……