明治政府建立二十余年,新时代虽已来临,却似乎与人们心中——尤其是维新志士心中的那个理想国度相差甚远。国家仍处在大时代的动荡惶恐之中,战争的阴影仍笼罩在日本的上空。
当年的浪漫剑客如今纷纷尘埃落定:弥彦成长为正直善良的剑客;左之助也少却了青春孟浪,变得沧桑;剑心的儿子剑路同样拜入比古清十郎的门下,誓要成为绝世高手,却与父亲分外隔膜;剑心接受政府的任务赶赴大陆战场,为了赎回前半生的罪过而疲于奔命,逆刃刀从此封存,家中只留下病弱的阿薰苦苦等待。
这不再是关于明治剑客的浪漫谭,这是一个英雄迟暮的哀婉诗篇……
帝国历四八六年,宇宙历七九五年的二月,帝国军为报复去年末同盟军的大规模进攻,而以米肯贝尔加元帅为司令,组成拥有大小三万五千四百艘舰艇的讨伐军。同盟军则展开了三万三千九百艘舰艇的迎击阵容,以罗波斯元帅为司令。其中同盟军第十一舰队司令何兰多中将率军长枪突入帝国军阵线,左冲右击,战果丰硕,不料,他却遇上了莱因哈特......
宇宙历788年,二十一岁的杨威利越级升为少校。受到卡介伦的委托,杨开始调查第二次提亚马特会战中使银河帝国完全败北的同盟军总指挥官“七三零年党”领袖布鲁斯·阿修比上将的死因,是否如投书所指有谋杀的嫌疑。
描绘了七三零年党的事迹,以及杨同后来的部下派特里契夫、姆莱等人结识的经过。还叙述了杨的童年。
明治十年,剑心、弥彦、阿薰、左之助一行乘火车来至横滨,甫至此地,便因与几个骚扰年轻女子的外国士兵发生争端,且因此结识了正直的武士时雨泷魁,他们很快成为好朋友。
时政治格局仍动荡不安,诸多反抗明治的志士不断向政府机关以及外国大使馆发动袭击。而时雨正是所谓“新维新”运动的领导者,明治以前,他曾是佐幕派彰义队的领袖之一,其好友“鬼斩”高槻严达即死在拔刀斋剑心的刀下,而被他们所搭救的女孩朱鹭正是严达的女儿。
造物弄人,让这些恩怨纠缠的人以如此方式重逢。得知一切的剑心决定不顾一切阻止好友袭击政府的行动。而另一方面,野心家田母野打算借镇压叛乱分子的良机图谋不轨……