在每一个角落都被探索完毕的世界中，唯一残留的秘境——大洞穴“阿比斯”。
　　不知道延续到何方，深不见底的巨大纵向洞穴，
　　栖息着奇妙奇怪的生物们，
　　沉眠着现在的人类无法制造的贵重遗物。
　　“阿比斯”那充满了不可思议的姿态吸引了人们，并驱使人们展开冒险。
　　如此，多次挑战大洞穴的冒险者们，
　　陆续得到了“探窟家”的名号。
　　住在建造于阿比斯边缘的城镇“奥斯”的孤儿莉可，
　　梦想着有朝一日成为母亲那样伟大的探窟家，并解开阿比斯的谜团。
　　某天，以母亲莱萨的白笛被发现为契机，
　　莉可决定潜入阿比斯深处。
　　被莉可捡到的丧失记忆的机器人雷格，
　　也为了寻找自己的记忆而决定同行。
　　莉可在深界四层中了穿弹兽的毒。
　　救了莉可的，是“生骸”娜娜奇。
　　娜娜奇也成为两人的同伴，三人的冒险向着波多尔多所在的深界五层进发。
　　在那里，他们遇到了一位自称为普鲁修卡的女孩子……

　　故事发生在彩玉大学的理科研究室内，冰室菖蒲（雨宫天 配音）和雪村心夜（内田雄马 配音）是在这里工作的两名研究生。某日，让心夜没有想到的是，自己竟然收到了菖蒲的告白。所为万事以科学为上的理科研究生，对于爱情自然也要用符合逻辑的证据去证伪，为了证明菖蒲对自己的爱确有其事有迹可循，心夜带领着整个实验室开始了对爱的实验。
　　每天都像佣人一样被使唤来使唤去的解说员奏言叶（原奈津子 配音）、性格反复无常，过于以自我为中心的棘田惠那（大森日雅 配音）、表面看来是个不良少年，实际上却是个死宅的犬饲虎辅（福岛润 配音），陪着菖蒲和心夜进行爱情实验的是这些可爱的研究员们。

　　1274年，秋。
　　一艘流放船在暴风雨中驶向对马。目的地是流放地对马。御家人宗助国的女儿－辉日姬在对马迎接了流放船。
　　之后举行了接风宴，而在宴席上，流人们知道了一件可怕的事。从高丽出发的蒙古高丽大军，正向日本前来，而这些流人们，就将被送上战争的最前线，成为守护对马的军队人员。
　　“为了对马，请你们牺牲吧”辉日姬冷漠地对流人们说

　　一直被贴着受欺负孩子标签的实。希望能看到她的笑容的方和杏子，在某个下雨之日的午后，尽情地与她说了话。然而，仍然看不到她真正的笑容，而她的身体状况也变得恶化，连学校也不来了。那之后过了两个月……方和杏子收到了一封不可思议的邮件。没有发件人的名字，甚至无从回信的这封邮件，传达了邻镇夏日祭典的通知——

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