拥有一头青色头发的男主角名字将叫作深井 青(フカイ·アオ，这名字在日语中带有“深青”的意义），是一名13岁少年。青的父亲兰顿·萨斯顿(Renton Thurston、レントン·サーストン)行踪不明，而母亲优莱卡(Eureka、エウレカ)也在10年前被美军带走了。由于继承了母亲的特殊基因，使得他能够看见人眼所不能看到的东西，如粒径为20nm大小的光粒子，红外线、紫外线等等（但在外太空这一特殊生理受到限制）。小时与诊疗所里的老医生深井 敏夫一同生活，现正在Generation Blue（蓝色世代）中。
　　女主角的名字将是阿拉塔·娜露，同样是13岁，是与青一同成长的青梅竹马。娜露因为童年时的事故而使拥有”ユタ”的力量(犹达，是日本冲绳以占卜为职业的灵媒师的名称)的眼睛醒觉。娜露有能够听懂珊瑚岩心声的特异功能，这是因为珊瑚岩的一部分在她体内成长，从某种程度上来说她和珊瑚岩存在部分融合，但正是因为这样，导致她自小身体虚弱，需要把氧气放入在手上的吸氧器，现与父亲、妹妹及祖母一同生活中。
　　本作的舞台也设定在冲绳的磐户岛上，当时的磐户岛正进行著自治权回复运动，但在某一天，在岛上出现的珊瑚岩受到了宿敌白细胞G-Monster的攻击，而为了保护磐户岛，男主角青与人型IFO（Intelligent Flying Object）相遇，并与G-Monster战斗的故事就此展开。

降身于夜晚，引得警察手忙脚乱，背着翅膀，这不是怪盗基德，这是怪盗Dark（置鲇龙太郎配音）。沉睡了40年的Dark在高中生丹羽大助（入野自由配音）14岁生日当天借由大助暗恋的女生原田梨纱（浅野真澄配音）的照片苏醒。这在丹羽家是世代守护的秘密。于是，平凡的大助有了二重身份，晚上是窃取艺术品的怪盗，白天是高中生，而Dark的灵魂则寄居在大助的体内。身手灵敏的大助引起了同班同学日渡怜（石田彰配音）的注意和怀疑，总是时不时的找大助麻烦。而大助暗恋的梨纱却对Dark一见钟情。梨纱的双胞胎姐姐梨红（中山真奈美配音）却因为一次意外引起了Dark的注意，进而引起了大助的好感。扑朔迷离的感情走向和危险的临近逐渐把故事推向高潮……

　　在并不遥远的未来，愚蠢的人类发动大规模战争，将赖以生存的世界变成废墟。昔日的国际大都会纽约，破破烂烂的街上走来了杜南·纳兹（Luci Christian 配音）及其半机械人男友布里艾诺斯（David Matranga 配音），他们刚刚搞砸贪婪大佬双角（Wendel Calvert 配音），无奈只得再度延后前往奥林帕斯的日期。双角承诺交给二人最后一次任务，谁知杜南他们却意外救下了被鸵鸟人战斗机器追杀的艾瑞丝（Brina Palencia 配音） 和 奥尔森（Adam Gibbs 配音）。后者来自奥林帕斯，此行他们肩负了关系全人类命运的绝密使命。谁知战争狂人塔洛斯（Josh Sheltz 配音）带着手下精兵悍将尾随而至，企图掌握艾瑞丝她们的秘密。杜南、布里乃至双角都被卷入这场难以预料的战斗中去……
　　本片根据士郎正宗的经典名作改编。

内详