故事圍繞著四年一度召開的決定女王的賭命的武術格鬥會「QUEEN'S BLADE」，美少女們因為各種各樣的理由而參加這個武術格鬥會。                                                                    　　依照建國以來的傳統，這個國家將由最強的女性支配。只要是12歲以上的女性，就算是其他國家的人，基至不是人類也無所謂，所有的女性都能夠參加。                                                                    　　在競技會上，沒有任何規則，只是互相殘殺而已。是賭上自己的生命，用自己擅長的武器與殺人技巧進行比賽，直到另一方放棄比賽或者是不再能行動為止才算是結束本場比賽。                                                                    　　參加「QUEEN'S BLADE」的女戰士們，等待她們的命運是女王的寶座、敗北的屈辱、還是死亡？

内详

故事以前作《科学小飞侠Crowds》的后续剧情展开。距离“立川事件”已经过了一年，当初贝尔库·卡切赋予尔乃美家累的力量“CROWDS”在日本首相菅山的推广之下已在人类社会当中广泛普及。然而仍然存在着对此感到不满的人们，此时菅山遭到不明人士的袭击，GATCHAMAN的全新战斗就此揭开序幕。