与冥王哈迪斯惨烈战斗终于结束，世界再次回到光明之中。但对于圣斗士来说，却伤亡何其惨重。黄金圣斗士全部阵亡，星矢虽然在最后的决战中侥幸逃生，却落得五感尽失，形同废人。
　　然而，这来之不易的和平却无法持续太久，在经历了撒加叛乱、海神波塞冬、冥王哈迪斯等危机之后，另一支邪恶之手也向人类世界伸来。这便是太阳神阿波罗——女神雅典娜的哥哥。他此番带领神斗士前来，企图将人类消灭。对于雅典娜及其麾下的圣斗士来说，这是前所未有的大危机……

　　六年级的小学生进藤光（川上友子 配音）无意中翻出了爷爷家的旧棋盘。触碰棋盘的一瞬间也释放出了寄居在其上的平安时代棋士藤原佐为（千叶进步 配音）的灵魂。附身于小光体内的佐为视棋如命，小光在其软磨硬泡下开始下围棋，接触了一批厉害的棋士，其中不乏他的同龄人。小光开始对围棋产生兴趣并展现了他的天分，而佐为则成为了小光的秘密老师……
　　《棋魂》改变自堀田由美的同名作品，漫画由小畑健执笔，并由日本棋院的女棋士梅泽由香里担当监修。当年上映引起轰动后，引发了一股学习围棋的热潮，借由佐为的附身改变了主人公进藤光，讲述了其棋艺和心灵的成长，也在其中普及了围棋知识，意义深远。