运动万能、拥有正义感，在班上最受欢迎的美墨莎莎。成绩优秀，永远是班上的第一名，但其实有点天真的雪城乃香，两人同是就读菲诺奈学院女子中学部二年级的学生。某一天，莎莎和乃香各自遇见了不可思议的神奇生物美波和米波，他们由于故乡光之园遭到邪恶的攻击，因而逃到虹之园来。
　　然后，莎莎和乃香被美波和米波赋予神奇的力量，携手变身成光之美少女“Pretty Cure”。
　　性格和兴趣都完全相反的两个人将同心协力，和来自闇之领域的邪恶敌人展开战斗。

　　在和强敌“横滨少棒队”的激斗中，主人公吾郎所带领的“三船海豚队”赢得非常漂亮。但是，作为主力投手的吾郎所付出的代价就是右肩的伤痛。而随着职业棒球选手的父亲英毅转会，吾郎什么也没有告诉一起战斗过的同伴们，就随父亲转学到了九州的学校。                                    
                               　　吾郎重新振作精神，接受了当地的棒球名校“博多南少棒队”的测试，但他和双亲有约定，绝对不能再当投手。于是吾郎作为一个出色的击球员入团了。但是却没有一个队友欢迎吾郎的加入。                                    
                               　　此时的横滨……输给了吾郎，但希望一雪前耻的佐藤寿也率领“横滨少棒队”对战因为没有吾郎在而失去了干劲的“三船海豚队”。“三船海豚队”因为佐藤寿也的：“只要继续打棒球，就一定能再次与吾郎相遇。”这句话而重新燃起了斗志。                                    
                               　　最终与吾郎所在的《博多南少棒队》对战的是“横滨”还是“三船”？                                    
                               　　而且吾郎能够带领“博多南少棒”队成为九州地区的代表吗？                                    
                               　　友情、信念、梦想、性情……                                    
　　少年们各种的想法在球场上交汇！！ 

　　光之美少女在参加乐园举办的礼服舞会时，发现可可与果果消失不见，并遭受一对兄弟攻击。经询问后，原来兄弟俩被坏人利用，所居住的“镜之国”被“镜影”所掌控。光之美少女因而勇闯镜之国，与镜影、暗之美少女们决战镜之国。