经过艰苦鏖战，星矢、紫龙等人终于打败包括三巨头在内的108冥斗士，凭借12黄金圣斗士的力量和沾染女神献血复活的圣衣的加护，星矢等人最终冲过叹息之墙和异次元空间，一辉也在潘多拉的帮助下随后抵达冥王哈迪斯盘踞的所在——极乐净土。
　　这是一片至高无上的天堂，没有饥饿、战争和痛苦，只有死后被神选中的人才能达到这里。他们的到来惊动了守护哈迪斯的两位神明——死神达拿都斯和睡神休普诺斯。他们的神力极为强大，纵使曾无数次保护过青铜圣斗士的黄金圣衣在他们的面前也薄如脆纸。绝望之际，圣衣的力量再次苏醒，进化成只有神灵才能拥有的神圣衣。神与神的战争再次升级，人类的命运将会如何？

　　在遥远的神话时代，冥王哈迪斯曾率领108冥斗士向人类世界发起攻击，智慧女神雅典娜则率圣斗士们奋起迎敌。连番苦战之后，哈迪斯及其军团战败，他们全部被雅典娜封印，而圣斗士也几乎损伤殆尽。
　　数千年后，女神的封印失去效力，古塔中的冥斗士又重新蠢蠢欲动。复活后的哈迪斯及其冥斗士将魔爪伸向圣域。连番恶战，圣域几近毁灭。参透阿赖耶识的处女座圣斗士沙加和女神雅典娜以活体闯入冥界。青铜5人组以女神之血修复业已破损的圣衣，随后闯入潘多拉城。
　　战场移到黑暗的冥界，一场绵亘了数千年的正邪大战就此展开……

　　在星奏学院里，学生被分为两类，一类是就读于普通科的平凡学生，另一类是就读于音乐科的能够看见音乐精灵的演奏天才。在一次偶然中，普通科的日野香穗子（高木礼子 配音）撞见了音乐精灵莉莉（水桥香织 配音）。莉莉赠予了完全不同音律的香穗子一把魔法小提琴，只要和小提琴心意相通，就算是完全没有经验的初学者也可以演奏出美妙的旋律。
　　凭借着魔法小提琴，香穗子被选中参加了学校的音乐演奏会。这突如其来的新人遭到了许多学生的妒忌和算计，但香穗子也因此结识了一帮热爱音乐的良师益友。冷酷毒舌的月森莲（谷山纪章 配音），沉默温柔的志水桂一（福山润 配音），开朗率真的土浦梁太郎（伊藤健太郎 配音），双重性格的柚木梓马（岸尾大辅 配音），在和这些天才们相处的过程中，香穗子发现，自己对于音乐的心意渐渐的发生了变化。

　　学校里的音乐大赛结束了。可是日野香穗子仍然一如既往地进行着小提琴的练习。她再次对自己与其它参赛选手之间的实力差距有了认识，但仍然抱着喜欢小提琴的心情全心投入地继续努力着。可是此时有一个看到她练习时样子的少年卫藤桐也，却对她的努力报以冷淡的语言。而且随着星奏学院下一任理长吉罗晓彦的登场，发生了更加令人震惊的事件！在这种情形下，香穗子的面前又出现了一个神秘的转学生加地葵……

時は群雄割拠の戦国時代、覇王・豊臣秀吉の起こした動乱は終結した。だが、戦乱の世は未だ終わることなく、覇王の不在は新たな戦を日ノ本に呼ぶ……!一つは奥州に闇あり。伊達政宗の前に現れた修羅の如き凶王――名は石田三成。崇敬する主、秀吉を討った怨敵・政宗に抱く私怨が世にもたらすものとは何か。一つは戦場に光あり。武田と上杉の永き因縁に終止符が打たれようとした時に降り立った、槍を捨て己の拳のみを武器とする男――名は徳川家康。「絆」の力を持って天下統一を成すとする決意、その理想が、戦なき世を望む者たちに抱かせる思いとは何か。そして、関ヶ原に混沌あり。宿命を背負いし武将たちは全ての決着を着けるため、戦国の世に暗躍する影が誘いし決戦の地・関ヶ原へ――

《战国BASARAJudgeEnd》改编自2010年发售的游戏《战国BASARA3》。故事会以《战国BASARA3》为蓝本，将“关原之战”设为舞台。彼时为群雄割据的战国乱世，高歌天下布武的大魔王织田信长，在本能寺遭遇心腹大将明智光秀的反戈讨伐。在信长阵亡后，拥有压倒性战力的丰臣秀吉成为一方霸主。另一边，奥州最强之人伊达政宗准备进军小田原城。随后，甲斐武田军队听闻伊达开赴进军的报告，真田幸村心生驰援战场的冲动……石田三成與伊達政宗激戰後發現主公豐臣秀吉死去，而豐臣軍師竹中半兵衛亦病死在自己眼前，發誓踏上向德川家康的復仇之路……原作：CAPCOM原作监修：小林裕幸、山本真监督：佐野隆史系列构成：高桥奈津子角色设定：千叶道德总作画监督：德田梦之介、小林利充美术监督：陈场大辅色彩设计：大冢真纯音响