川越春间（平川大辅 配音）是一名十分平凡的男子大学生，因为童年时代的不幸遭遇，春间对兄妹之间的亲情十分渴望。一年圣诞节，春间向圣诞老人许愿希望能够得到一个妹妹，让春间再也没有想到的是，自己的愿望竟然成真的，一个名为裘可（斋藤桃子 配音）被送到了春间的身边，成为了他的妹妹，就这样，在春间居住的椿庄里，裘可和春间开始了他们的同居生活。
　　因为平凡的外貌而常常产生自卑感的管理员芹川千岁（水桥香织 配音）、大大咧咧个性奔放在生活里邋里邋遢的美女足来真琴（森永理科 配音）、经营着花店性格十分温柔体贴的老板娘圆崎绫乃（大原沙耶香 配音），和生活在椿庄周边的朋友们，春间的日常拉开了序幕。

高町奈叶（田村由香里 配音）是一位平凡的高中三年级学生，某日，在上学的路上，她同来自异世界米德其路达的尤诺（水桥香织 配音）相遇了。尤诺告诉奈叶，她正在寻找遗落人间的太古遗产“圣石之种”，这种珍贵的宝物蕴藏着巨大的能量，如果弃之不顾有可能在人间界造成巨大的破坏，接二连三的波折之后，奈叶成为了帮助尤诺回收种子的魔法少女，开始了一段充满了危险和刺激的奇幻旅程。 　　某日，一位名叫菲特（水树奈奈 配音）的金发少女出现在了奈叶的面前，她和奈叶一样同为回收种子的魔法少女，也就是说，她们的关系是竞争者。奈叶能够打败这样一位强劲的对手吗？对于菲特来说，温柔而又努力的奈叶又是一种怎样的存在呢？

　　故事发生在精灵的世界之中，在这里，精灵们用他们的乐器演奏出拥有魔力的乐曲，来操纵四季的更替。尚未成熟的小精灵们需要在魔法学校里学习各种各样的魔法知识，然后带着魔法之花前往人间进行最后的试炼，在收集到了足够多的“闪耀”之后，魔法之花就会盛开，它会成为精灵们毕业的凭证。
　　天真可爱有些害羞的雪精灵糖糖（川上伦子 配音）、一心想要继承父业的太阳精灵小盐、个性非常的温和彬彬有礼的风精灵胡椒（水桥香织 配音）、拥有成熟外表和天真内心的雨精灵（三石琴乃 配音），当这些精灵接二连三的出现在平凡的人类少女莎佳（浅野真澄 配音）的身边后，会发生怎样有趣的故事呢？

这是，某个冬日的故事。 女高中生抚子刚从静冈搬家到山梨，为了观赏“绘制在千元纸币上的”富士山，骑着自行车来到本栖湖。但不巧天气是阴天，没能看到富士山，抚子累得当场躺下睡着了。当她醒过来的时候，时间已是...

　　在星奏学院里，学生被分为两类，一类是就读于普通科的平凡学生，另一类是就读于音乐科的能够看见音乐精灵的演奏天才。在一次偶然中，普通科的日野香穗子（高木礼子 配音）撞见了音乐精灵莉莉（水桥香织 配音）。莉莉赠予了完全不同音律的香穗子一把魔法小提琴，只要和小提琴心意相通，就算是完全没有经验的初学者也可以演奏出美妙的旋律。
　　凭借着魔法小提琴，香穗子被选中参加了学校的音乐演奏会。这突如其来的新人遭到了许多学生的妒忌和算计，但香穗子也因此结识了一帮热爱音乐的良师益友。冷酷毒舌的月森莲（谷山纪章 配音），沉默温柔的志水桂一（福山润 配音），开朗率真的土浦梁太郎（伊藤健太郎 配音），双重性格的柚木梓马（岸尾大辅 配音），在和这些天才们相处的过程中，香穗子发现，自己对于音乐的心意渐渐的发生了变化。

　　学校里的音乐大赛结束了。可是日野香穗子仍然一如既往地进行着小提琴的练习。她再次对自己与其它参赛选手之间的实力差距有了认识，但仍然抱着喜欢小提琴的心情全心投入地继续努力着。可是此时有一个看到她练习时样子的少年卫藤桐也，却对她的努力报以冷淡的语言。而且随着星奏学院下一任理长吉罗晓彦的登场，发生了更加令人震惊的事件！在这种情形下，香穗子的面前又出现了一个神秘的转学生加地葵……

　　頂級教室爭奪戰即將開打，召喚獸現身吧！
　　「我不要這種教室啦！」──笨蛋明久的喊叫聲響遍校園。這裡就是以嚴格分班制度聞名的文月學園。在A段班教室，有完善的冷暖空調及可調式座椅供優秀的精英們使用；而明久所分配到的放牛班教室裡，只有破舊飯桌跟爛掉的榻榻米。為了心儀已久的元氣少女瑞希，明久慫恿班長雄二展開一場激烈的組別戰爭。一場使用學園開發的試驗召喚獸，爭奪頂級教室使用權的危險賭注就要開始啦！

　　文月学园采用根据科学、偶然性和神秘学所开发的“测验召唤系统”，让感叹学历低落的学生之间掀起了一股新的风潮。在这所依照分班考试成绩严格实行分班的学园里，男主角吉井明久自信满满地等待着测验结果，结果却被分到最差的班级F班！同时，考试坐在明久身边的姬路瑞希因病患发作，优异的成绩作废，同样被分到F班。明久为了改善瑞希的学习环境，只能尽用班级之间的测验召唤战争提升设备。

　　在三槌家的掌门人高上美夜子（堀江由衣 配音）过世以后，家族后继无人。由于长久以来，三槌家都侍奉着家族的守护神——狐仙大人，所以，当族中长老预测到各路妖怪将被美夜子的两个儿子高上升（水岛大宙 配音）和高上透（嶋村侑 配音）的法力吸引而来时，毫不犹豫的解除了曾经因为捣乱而被惩罚的狐仙的封印，天狐空幻（野上尤加奈 配音）保护三槌家的任务就此开始。
　　自从空和升相遇以来，怪事就没有停止过。空活泼调皮的性格没少给升惹麻烦，但在紧要的危急时刻，也是空将升从水生火热中解救出来。一来二去，两人之间产生了难得的信任和感情。此外，和三槌家本毫无瓜葛的守护女红（早见沙织 配音）也加入到了守护高上两兄弟的队伍中来，不断的吸引着妖怪的兄弟两会面临着怎样的命运呢？

　　平凡小镇，生活在五口之家的普通小学生高町奈叶（田村由香里 配音）与好友月村铃鹿（清水爱 配音）和爱丽莎·巴尼斯（钉宫理惠 配音）过着无忧无虑的生活。这一日，她们偶然发现一只类似水貂的动物尤诺·斯克莱亚（水桥香织 饰）。受伤的尤诺得到奈叶等人的救助，谁知接下来小镇便连续出现各种怪物。在尤诺的帮助下，奈叶利用Rising Heart变身成为魔法少女，击败了入侵的怪兽，并且得知关于能量结晶快Jewel Seed的秘密以及自己的使命。此后的日子里，她为了成为合格的魔法少女背着好友们展开修行。这一晚，神秘魔法少女菲特·泰斯特罗莎（水树奈奈 配音）突然出现，与奈叶展开激战。
　　她们之间的夙缘由此展开……