真壁一骑是个生长在对日本而言十分乡下的龙宫岛上的少年──对他来说，像这样的和平是普通到不能在普通的状况。
　　但当由硅所构成的不明生物·异界体（Festum）开始攻击龙宫岛时，他才开始注意到他现在所拥有的和平生活不过只是个被创造出来的假象。
　　为了取回自己的和平生活，他和同伴开始一起搭乘人类所创造出来的巨大兵器·法夫那（Fafner）和异界体战斗──
　　在激战的彼端，等待着他的是……

降身于夜晚，引得警察手忙脚乱，背着翅膀，这不是怪盗基德，这是怪盗Dark（置鲇龙太郎配音）。沉睡了40年的Dark在高中生丹羽大助（入野自由配音）14岁生日当天借由大助暗恋的女生原田梨纱（浅野真澄配音）的照片苏醒。这在丹羽家是世代守护的秘密。于是，平凡的大助有了二重身份，晚上是窃取艺术品的怪盗，白天是高中生，而Dark的灵魂则寄居在大助的体内。身手灵敏的大助引起了同班同学日渡怜（石田彰配音）的注意和怀疑，总是时不时的找大助麻烦。而大助暗恋的梨纱却对Dark一见钟情。梨纱的双胞胎姐姐梨红（中山真奈美配音）却因为一次意外引起了Dark的注意，进而引起了大助的好感。扑朔迷离的感情走向和危险的临近逐渐把故事推向高潮……

　　2131年，地球爆发大规模的世界大战，各大主要城市尽成废墟，人们流离失所。讽刺的是，这场摧毁人类文明的大战最终没有任何战胜国。幸存的人类将原来的综合管理机构改造成名为奥林帕斯的基地，以此作为幸存者的理想国。
　　少女琉南•纳兹在一座废弃城市与火力强大的人造人展开激烈战斗，危急时刻，她的前男友布里亚留斯和美丽女孩瞳带领奥林帕斯的小分队赶来营救。布里亚留斯之前在北非战场失去大部分身体，如今也被改造成机械加身的人造人。结束了枕戈待旦的日子，琉南开始迎来平静祥和的生活。她发现奥林帕斯的科技极为发达，而这里相当数量的人类是人造人。这座过分祥和的理想国让琉南心有不安，它的背后似乎隐藏着不为人知的秘密……