十多年前一只拥有巨大威力的妖兽“九尾妖狐”袭击了木叶忍者村,当时的第四代火影拼尽全力,以自己的生命为代价将“九尾妖狐”封印在了刚出生的鸣人身上。木叶村终于恢复了平静,但村民们却把鸣人当成像“九尾妖狐”那样的怪物看待,所有人都疏远他。鸣人自小就孤苦无依,一晃十多年过去了,少年鸣人考入了木叶村的忍者学校,结识了好朋友佐助和小樱。佐助是宇智波家族的传人之一,当他还是小孩的时候他的哥哥——一个已经拥有高超忍术的忍者将他们家族的人都杀死了,然后投靠了一直想将木叶村毁灭的大蛇丸,佐助自小就发誓要超越哥哥,为家族报仇。鸣人他们在忍者学校得到了教官卡卡西的精心指点,在他的帮助下去迎接成长中的一次又一次挑战!
在可见的未来,人类偶然发现了被喻为之谜的“盖塔射线”,但是无人知道,那将会是世界末日的开始……由于INVADER突然来袭,月球在转眼之间被占领,跟着,它们的魔爪企图伸展到地球。人类用高科技的结晶——“超级机器人”,经过长达十年的“月世界战争”,成功把可怕的侵略者消灭了,但是……
早乙女博士以未开发成功的『三一万能侠』迎击反被击溃!一方面博士着手开发『新·三一万能侠』;另一方面,认为必须找到3位合适的驾驶员....
第四次忍界大战结束的两年后,此时此刻的漩涡鸣人(竹内顺子配音)早已成为盖世英雄一般的人物,无论他走到哪里都受到女孩子和小朋友的喜爱与追捧,他似乎也有其享受这样喧嚣欢闹的氛围。与之相对,壁花小姐日向雏田(水树奈奈配音)则始终站在角落里,默默注视着这个她喜欢了多年的男孩子。雏田亲手为鸣人织了围巾,怎奈无法鼓足勇气交给对方,喜欢的话语更难以说出口。某个夜晚,雏田的妹妹花火(浅井清己配音)遭到不明身份之人劫持,带火的陨石则落在附近的山坡之上。为了救回花火,阻止地球毁灭,鸣人、雏田、小樱(中村千绘配音)、鹿丸(森久保祥太郎配音)和佐井奉命前去调查舍人(福山润配音)的真身。在此过程中,鸣人不小心知晓了雏田的心意……本片情节介乎《火影忍者》漫画699话和700话之间