故事的舞台是在战争中被破坏的基地殖民地、飘荡着大量战舰的残骸的“Thunderbolt宙域”,宙域是对ZEON公国要塞“A Bao A Qu”的补给道路,为了夺回宙域,地球连邦军和ZEON公国展开了激烈的战斗。地球连邦军的伊奥·弗莱明少尉等人乘坐GM204F,潜入Thunderbolt宙域,向狙击手发起了挑战。
イオとの死闘を制したダリルは、ジオン残党軍の一員として地球にいた。彼は奪われたサイコ・ザクの情報を得るための諜報任務に就いていたのだ。
一方、新たな仲間と共に「サンダーボルト作戦」に参加したイオの前に、南洋同盟国境守備隊隊長を名乗るペール中佐が立ち塞がる。
海中で、氷原で、密林で繰り広げられる、ジオン、連邦、南洋同盟、三つ巴のモビルスーツ戦。
戦争はまだ、終わってはいなかった――。