革命历228年，冬。从属于E.U.联盟联军的W Zero部队中尉阿基德（入野自由 配音）迎来了与哥哥——布里塔利亚帝国圣米迦勒骑士团的团长信•修加•夏音度（松风雅也 配音）的决斗。成濑幸也（松冈祯丞 配音）制造的炸弹虽然摧毁了帝国1/3的战斗力，但是他们仍然面对着为数众多的对手。敌我差距悬殊，获胜希望渺茫。关键时刻，骑士团下的阿修罗队队长阿修雷・阿修罗（寺岛拓笃 配音）临阵倒戈，加入阿基德他们一方。决战前夕，阿基德剪下自己的一撮头发，交到蕾拉•玛露卡尔（坂本真绫 配音）的手中。
　　历经战火的洗礼，他们之间的关系悄然发生着改变。希望还是绝望，前路迷茫……

拥有大量资产的神户家少爷大助前往赴任之处， 　　是仅会接收在警视厅引发问题之人的 　　「现代犯罪对策本部准备室」，通称「现对本部」。 　　大助在那里与重视人情的男人·加藤春组成了搭档。 　　面对连人命都以价钱衡量的大助，加藤以「世上并非只有金钱」加以反驳。 　　而各种各样的事件和谜团，阻挡在这对立的2人面前。 　　超越常识的搜查现在开始——！